1 Bakterite genotüüpide uurimine rep-PCR meetodiga Uuritavad tüved on vedelsöötmes ette kasvatatud. 1 ml rakususpensiooni pipeteeritakse 1,5 ml Eppendorfidesse ja seejärel tsentrifuugitakse 10 minutit. Seejärel supernatant eemaldatakse ja biomass suspendeeritakse 500 l puhvris. Loksutatakse ja segatakse Vortexil. Iga kultuuri puhul kasutatakse uut pipetiotsikut. Rep-PCR viiakse läbi eelnevalt valmistatud Mastermixi segu kasutades. Mastermixi segu jaotatakse PCR katsutitesse. Igasse katsutisse lisatakse 1 l kultuurisuspensiooni ja kontrollproovi pipeteeritakse 1 l MilliQ vett. Proovid tsentrifuugitakse ja asetatakse termotsüklerisse PCR reaktsiooni läbiviimiseks. PCR kestab tunde, seepärast jäetakse proovid üleöö reageerima ja järgmisel päeval viiakse läbi agaroos- geelelektroforees. Selleks valmistatakse geel, mille sisse tehakse süvendid proovide ja markerite jaoks. Geeli ühte auku kantakse 5 l proovi. Markerite jaoks mõeldud pesadesse
3. Bakterite genotüüpide uurimine rep-PCR meetodiga Uuritavad tüved on vedelsöötmes ette kasvatatud. 1 ml rakususpensiooni pipeteeritakse 1,5 ml Eppendorfidesse ja seejärel tsentrifuugitakse 10 minutit. Seejärel supernatant eemaldatakse ja biomass suspendeeritakse 500 l puhvris. Loksutatakse ja segatakse Vortexil. Iga kultuuri puhul kasutatakse uut pipetiotsikut. Rep-PCR viiakse läbi eelnevalt valmistatud Mastermixi segu kasutades. Mastermixi segu jaotatakse PCR katsutitesse. Igasse katsutisse lisatakse 1 l kultuurisuspensiooni ja kontrollproovi pipeteeritakse 1 l MilliQ vett. Proovid tsentrifuugitakse ja asetatakse termotsüklerisse PCR reaktsiooni läbiviimiseks. PCR kestab tunde, seepärast jäetakse proovid üleöö reageerima ja järgmisel päeval viiakse läbi agaroos- geelelektroforees. Selleks valmistatakse geel, mille sisse tehakse süvendid proovide ja markerite jaoks. Geeli ühte auku kantakse 5 l proovi. Markerite jaoks mõeldud pesadesse
lisatakse 0,9 ml või 9 ml söötme kohta vastavalt 0,1 ning 1 ml. Iga proovi lahjenduse kohta tuleb teha 35 paralleelseeriat ehk 3-5 proovi igast lahjendusest. Pärast inokuleeritud söötmekatsutite inkubeerimist määratakse iga proovi puhul sihtmärk-organismide olemasolu. Kõige tõenäolisema arvu määramisel kasutatakse tõenäosustabeleid. Seda meetodit kasutatakse sageli fekaalsete indikaatorbakterite (coli-laadsed) arvukuse määramisel. Positiivsete proovidega katsutitesse moodus- tub hapet ja gaasi. Gaasi olemasolu on määratav gaasimullide tekkega klaastoru- kestesse, mis on eelnevalt katsutitesse lisatud. Alternatiivsed meetodid. 1. Adenosiintrifosfaadi (ATP) määramise meetodid. Kõik rakud sisaldavad ATP-d ja selle määramine põhineb ensüüm lutsiferaasi poolt katalüüsitava lutsife- riini poolt valguse produktsioonil, mis võimaldab ATP olemasolu ning kogust registreerida. Reaktsioon toimub minutitega ja seda võib kasutada kiire hügieeni-
annaabi.ee 
