Järvevee värvus koos fütoplanktoni hulgaga määrab olulisel määral vee temperatuuri- ja hapnikukihistuse. Vee koostis Vee keemiliselt koostiselt on valdav osa järvi magedaveelised. Arvestataval hulgal kloriide ja teisi merveele iseloomulikke sooli leidub merest hiljuti eraldunud või tugeva ühenduse säilitanud rannajärvedes. Kloriidide hulk on suurenenud ka reostunud järvedes. Põhiline osa Lõuna- ja Põhja- Eesti järvedest on kaltsiumvesinikkarbonaatsed. Vaid rabajärvedes on valdaval kohal sulfaatioon. Järvede vee mineraalainete kontsentratsioon on väga varieeruv. Nii kõigub üldaluselisus (HCO 3) uuritud järvede vees 0366 mg/l vahel. Kõige madalama üldaluselisusega on raba- ja liivikute järved, kõige kõrgema üldaluselisusega Pandivere kõrgustiku allikalise toitumisega järved. Väga kõrge üldaluselisus on ka Narva soojuselektrijaamade tuhaheiteveest kujunenud Rohelistel järvedel.
-valgustingimused on Eesti väikejärvedes aasta lõikes küllaltki muutlikud -kõige väiksema läbipaistvusega on vesi suvel, planktonvetikate arengu kõrgperioodil Pooltel järvedest on see vähem kui 1,5m. -kõige tähtsamaks veesisese valguskliima kujundajaks on huumusained, teisel kohal on fütoplankton. Hüdrokeemia -Eesti järved on mageda veega, vaid rannajärvedes ja hiljuti eraldunud merelahtedes on soolsus pisut kõrgem -enamik järvedes on kaltsiumvesinikkarbonaatsed -pehme veega pruunides järvedes on valdav sulfaatioon. Sulfaatide ja kloriidid hulk on suur tugevasti reostunud järvedes. -katioonidest esineb järvevees palju kaltsiumi ja magneesiumi. Naatriumi ja kaaliumi sisaldus on tunduvalt väiksem. -lämmastiku ja fosfori suhe jääb vahemiku 100:1 kuni 12:1 -orgaanilise aine hulk ja koostis varieeruvad tugevalt. Kõige kõrgemad väärtused on reostunud veekogudes. -valdavalt on pH vahemiku 6,5 – 8,5
· Järvede valgalad on tavaliselt väikesed · Järvevee kõige märkimisväärsed temperatuurimuutused toimuvad mais kiire soojenemise ja oktoobris kiire jahtumise ajal · Püsiv jääkate tekib tavaliselt novembris-detsembris · Enamiku järvede vesi on kollakaroheline või rohekaskollane, kuid palju on ka punakaspruuni ja pruuni vett · Põhiline osa Lõuna- ja Põhja-Eesti järvedest on kaltsiumvesinikkarbonaatsed · Kõrge biogeenide sisaldus · Fütoplanktoni hulk ja koosseis on väga varieeruv · Kõige liigirikkamad taimeliikide poolest on Haanja kõrgustikul olevad järved ja Kõrg- Eestis · Kõige rikkalikum kalafauna on suuremates, mõõduka toitesoolade sisaldusega järvedes · Väikejärvede loodusrikkuseks on põhjasetted Järvede tekke järgi · Valdav osa on jääaegse pärtioluga, tekkinud ligikaud 10 000 12 000 aastat tagasi