vajalik töötava geeni(de) (üle) ekspressiooni suunatud inhibeerimine. Seda on võimalik saavutada erinevatel tasemetel.(2) DNA tasemel A) Funktsionaalse geeni inaktivatsioon in situ homoloogilisel rekombinatsioonil vastavalt muteeritud geenikoopiaga.(2) B) Oligonukleotiidide kasutamine. Teatud tingimustel võib DNA moodustada kolmekordse heeliksi. Selleks disainitakse geenispetsiifiline oligonukleotiid, mis paardub kindla sihtmärk geeni järjestusega kaheahelalises DNA-s ja inhibeerib selle geeni transkriptsiooni. Üheahelalise oligonukleotiidi seostumine kaheahelalise DNA-ga toimub nn. Hoogsteen'i paardumise kaudu (vesiniksidemed). Selliste sidemete puhul on kõige stabiilsemad G seondumine G-ga GC aluspaaris ja T seondumine A-ga AT aluspaaris.(2) RNA tasemel Antisense oligod või antisense geen, ribosüümid.(2) Valgu tasemel Polüpeptiidi funktsiooni inhibeerimine. Seda on tunduvalt vähem uuritud kui
a) van der Waalsi interaktsioon b) vesinikside c) elektrostaatiline interaktsioon 12. Millise lämmastikalusega moodustab DNA ahelas aluspaari tsütosiin ja mitme vesiniksideme vahendusel? V: moodustab aluspaari guaniiniga. Kolme H-sideme vahendusel. A-T kahe vesinik sidemega. 13. Kas DNA esineb eukarüootses rakus reeglina ühe- või kaheahelalise molekulina? (sama küsimus ka RNA kohta). V: Enamasti on geneetiline informatsioon kodeeritud kaheahelalises DNA-s (kuid esineb ka viirusi, mille genoom koosneb üheahelalisest DNA-st või RNA-st.) 14. Miks toimub DNA ahela süntees alati 5´otsast 3`otsa suunas? (sama küsimus ka RNA kohta). 15. Millise sideme kaudu on ühendatud nukleotiidijäägid DNA ahelas? (sama küsimus ka RNA kohta). a) fosfodiesterside b) fosfoanhüdriidside c) vesinikside 16. Milline oligonukleotiid omab kõrgemat ,,sulamistemperatuuri" Tm. Miks? a) AT rikas b) GC rikas
Üldiselt üks evolutsioneeruv osa. rRNA ruumilise struktuuri kujunemise üldpõhimõtted kaksikhelikaalsete piirkondade osakaal rRNA-s coaxial stacking ja selle tähtsus rRNA 3D struktuuri jaoks A-minoorne interakstioon- hoiab rRNA ruumilist struktuuri paigas. RNA kaksikheeliksi väikese vao kaudu toimub interaktsioon A-nukleotiidide (A nukleotiidid pärinevad üksikahelast; adeniin) ja rRNA vahel. Moodustatakse põhiliselt vesiniksidemeid kaheahelalises osas osalevate 2’ hapnikega (riboosi hapnikud). Eristatakse 4 erinevat tüüpi interaktsiooni, olenevalt sellest, milliste kaksikahelaliste piirkondadega sidemet tekivad. 16S rRNA sekundaarstruktuur: Sisaldab 4 domeeni : 5’-domeen : KEHA, tsentraalne : PLATVORM, 3’-Major : PEA, 3’-minor : PENULTIMATE STEM. Domeenid 30S tasemel suhteliselt iseseisvad. Domeenide liikumine teineteise suhtes valgusünteesi käigus.
struktuurseks aluseks. Seepärast on antikoodoni geomeetria oluline koodon-antikoodon interaktsiooni toimumisel. Antikoodon aasas on alati (v.a. raaminihke suppressorid, vt. allpool) 7 nukleotiidi, milles antikoodoni moodustavad 3 keskmist nukleotiidi. Antikoodoni ees paikneb konserveerunud U33 nukleotiid, mille järel teeb nukleiinhappe ahel järsu pöörde (vt. joonis 7.7). Antikoodoni kõik kolm nukleotiidi paiknevad RNA ahela ühel küljel sarnases konformatsioonis nagu esineb RNA kaheahelalises A vormis. Atikoodon on sobivas struktuuris koodoniga paardumiseks. Antikoodon aasa struktuur on oluline ka lugemisraami hoidmisel, kuna U33 on antikoodoni teljest järsult ära pööratud, siis ei saa see nukleotiid osaleda mRNA'ga paardumisel pideva heeliksina. Tuleb silmas pidada, et nukleotiid 34, esimene antikoodoni nukleotiid, paardub koodoni viimase, 3. nukleotiidiga ja seepärast on oluline, et koodon-antikoodon interaktsioon lõppeks just 34. nukleotiidiga ega jätkuks U33'ga
Antikoodon (nukleotiidid 34, 35, 36) paarduvad mRNA kolme nukleotiidiga (koodoniga), mis on geneetilise translatsiooni aluseks. Antikoodon aasas on alati 7 nukleotiidi, milles antikoodoni moodustavad 3 keskmist nukleotiidi. Antikoodoni ees paikneb konserveerunud U33 nukleotiid, mille järel teeb nukleiinhape järsu pöörde. Antikoodoni kolm nukleotiidi paiknevad RNA ahela ühel küljel sarnases konformatsioonis nagu esineb RNA kaheahelalises A-vormis. Antikoodoni aasa struktuur on oluline lugemisraami hoidmisel, kuna U33 on antikoodoni teljest järsult ära pööratud – see nukleotiid ei saa osaleda mRNA-ga paardumisel pideva heeliksina. Nukleotiid 34 (antikoodoni 1.) peab paarduma koodoni 3. nukleotiidiga ja on oluline et koodon-antikoodon interaktsioon lõppeks just 34. nukleotiidiga ega jätkuks U33-ga. U33 juures toimuv järsk pööre määrab ära koodon-antikoodon seose pikkuse (3bp).
annaabi.ee 
