põlvkonna meetoditest: a) Sekveneeritavat DNA-d ei amplifitseerita vaid järjestatakse otse reaal-ajas b) DNA sekveneerimiseks tekitatakse ensümaatiliselt erineva pikkusega fluorestsentsmärgisega fragmentide jadad, mis lahutatakse elektroforeesil c) DNA sekveneerimine toimub kloonide kaupa d) Kogu sekveneeritav DNA purustatakse, saadud fragmentidele liidetakse praimerid ning amplifitseeritakse sild- amplifikatsioonil kiibi pinnal 13. Restriktaas HindIII lõikab DNA-d järgmisest äratundmiskohast 5'AAGCTT3'. HindIII on seega: a) Tüüp 1 restriktaas, mis annab DNA lõikamisel 3' üleulatuva otsa b) Antud ensüüm annab DNA lõikamisel tömpotsa c) Tüüp 2 restriktaas, mis annab DNA lõikamisel 5' üleulatuva otsa d) Tüüp 1 restriktaas, mis annab DNA lõikamisel 5' üleulatuva otsa e) Tüüp 2 restriktaas, mis annab DNA lõikamisel 3' üleulatuva otsa 14
üksteisest lahutada. Kui mõnes ensüümi lõikamiskohas on toimunud muutus, ei lõika ensüüm sealt ning sel juhul tekivad võrreldes algse DNA lõikusega erineva pikkusega DNA fragmendid. RFLP analüüsi kasutatakse näiteks inimese neljandas kromosoomis asuva Huntingtoni tõve põhjustava alleeli läheduses paikneva lookuse D4S10 (funktsioon teadmata) uurimisel. DS410 on polümorfne restriktaasi HindIII lõikekohtade suhtes. Sellel lookusel on kirjeldatud neli erinevat HindIII poolt tekitatud fragmentide mustrit. Iga muster vastab ühele haplotüübile (alleeli sünonüüm), seega on üksteisest eristatavad haplotüübid A, B, C ja D. Kuna homoloogilisi kromosoome on kaks, on igal indiviidil neist kaks haplotüüpi, mis kombineeruvad kümnel erineval viisil AA, BB, CC, DD, AB, AC jne. Mutatsioone DNA järjestuses on tuvastatud ka Huntingtoni tõbe põhjustava HD alleeli puhul. Huntingtoni tõbi
Millise tulemuse sain kontroll-restriktsioonist? Minu tulemus on väga ilus, eraldatud plasmiid tuli õige. Mille järgi valisime sobiva restriktaasi? Veel sobivaid restriktaase. Valisime EcoRI restriktaasi, kuna meie insert sisenes pSTBlue-1 vektorisse EcoRV saiti. Mõlemalt pool enne seda saiti on EcoRI sait. Seega oli väga hea valita just see restriktaas, saime mõlemalt poolt ühe restriktaasiga lõigatud ja vee täpselt väga lähedalt. Võiksime valida ka muud restriktaasid, nt PstI ja HindIII aga see oleks tülikas, kuna me ei eraldaks ainult meile huvipakkuvat fragmenti ja peaksime puhvritega jändama, kuna iga restriktaasi jaoks on erinevat soolakontsentratsiooni vaja. Mida silmas pidada kui kasutada mitut erinevat restriktaasi korraga? Millised lõikamiseks sobivad tingimused võivad erineda? Peame vaatama, mis puhvrit kasutame. Erinevatel restriktaasidel on erinevaid soolakontsentratsioone vaja. Samuti tuleks jälgida mis temperatuuri juures need restriktaasid töötavad
BseX3I c|ggccg none BshTI a|ccggt 662 Bsp1407I t|gtaca 168 Bsp19I c|catgg none BspDI at|cgat 980 BspEI t|ccgga none BsrGI t|gtaca 168 BssHII g|cgcgc none BstUI cg|cg 114, 361, 482, 933 ClaI at|cgat 980 DraI ttt|aaa none EagI c|ggccg none EcoRI g|aattc none EcoRV gat|atc 200, 703 EgeI ggc|gcc none FseI ggccgg|cc none FspI tgc|gca 15, 372, 567 HaeIII gg|cc 599 HincII gty|rac 220, 333 HindIII a|agctt none HinfI g|antc 521, 952 HpaI gtt|aac none HpaII c|cgg 93, 177, 215, 243, 663, 867 KasI g|gcgcc none KpnI ggtac|c none MboI |gatc 303, 436, 769, 808 MfeI c|aattg none MluI a|cgcgt none MscI tgg|cca none MseI t|taa 399, 621, 750, 1005 MspI c|cgg 93, 177, 215, 243, 663, 867 NaeI gcc|ggc none NarI gg|cgcc none NcoI c|catgg none NdeI ca|tatg none
fragmendid, mida on võimalik geelelektroforeesil üksteisest lahutada. Kui mõnes ensüümi lõikamiskohas on toimunud muutus, ei lõika ensüüm sealt ning sel juhul tekivad võrreldes algse DNA lõikusega erineva pikkusega DNA fragmendid. RFLP analüüsi kasutatakse näiteks inimese neljandas kromosoomis asuva Huntingtoni tõve põhjustava alleeli läheduses paikneva lookuse D4S10 (funktsioon teadmata) uurimisel. DS410 on polümorfne restriktaasi HindIII lõikekohtade suhtes. Sellel lookusel on kirjeldatud neli erinevat HindIII poolt tekitatud fragmentide mustrit. Iga muster vastab ühele haplotüübile (alleeli sünonüüm), seega on üksteisest eristatavad haplotüübid A, B, C ja D. Kuna homoloogilisi kromosoome on kaks, on igal indiviidil neist kaks haplotüüpi, mis kombineeruvad kümnel erineval viisil AA, BB, CC, DD, AB, AC jne. Mutatsioone DNA järjestuses on tuvastatud ka Huntingtoni tõbe põhjustava HD alleeli puhul
annaabi.ee 
