Enamik sõltumatuid uurijaid kinnitavad, et geneetiliselt muundatud organismid kujutavad endast ohtu bioloogilisele mitmekesisusele. Seda kinnitavad ka allpool viidatavad eksperimentaalsed uurimused. Oht bioloogilisele mitmekesisusele tuleneb: a) pestitsiidide suuremast kasutamisest võrreldes tavapõllumajandusega; b) kohalike liikide hävimisest ja asendumisest; c) kõrvaliste liikide kahjustumisest; d) geneetilise ebastabiilsuse tekkest. Pestitsiidid GM kultuuride herbitsiiditolerantsus võib kanduda üle teistele taimedele. See juhtub horisontaalse geenisiirde tulemusena ehk GM herbitsiiditolerantsete taimede ristumisel nende looduslike sugulastega (umbrohtude, aga ka kultuursortidega), mille tulemusena muutuvad need GM taimega sarnaselt umbrohumürgile allumatuks. Herbitsiidiresistentsete (HR) kultuuride kasutuselevõtt lihtsustab maaviljelust, võimaldades loobuda künnist ja kasutada laialdaselt otsekülvitehnoloogiat.
7 endast ohtu bioloogilisele mitmekesisule. Oht bioloogilisele mitmekesisusele tuleneb pestitsiidide suuremast kasutamisest, kohalike liikide hävimisest ja asendumisest, kõrvaliste liikide kahjustumisest ning geneetilise ebastabiilsuse tekkest. (Eestimaa Looduse Fond 2006.) 5.1.1 PESTITSIIDID Geneetiliselt muundatud kultuuride herbitsiiditolerantsus võib kanduda üle teistele taimedele. See juhtub horisontaalse geenisiirde tulemusena ehk geneetiliselt muundatud herbitsiiditolerantsete taimede ristumisel nende looduslike sugulastega (umbrohtude, aga ka kultuurisortidega), mille tulemusena muutuvad need geneetiliselt muundatud taimega sarnaselt umbrohumürgile allumatuks. Muundkultuuride intensiivse viljelemise tehnoloogia annab küll umbrohtudevaba põllu, kuid vähendab selle loodusliku mitmekesisust
on andnud põhjust kritiseerida GM toodete ohutust. Probleemiks on ka GMO-d puudutava teabe salastamine, mille tulemusena on „konfidentsiaalseks ärialaseks informatsiooniks“ kuulutatud muuhulgas riskianalüüsi andmed, mis viitavad tootega kaasnevatele negatiivsetele mõjudele. Oht bioloogilisele mitmekesisusele tuleneb: a) pestitsiidide suuremast kasutamisest võrreldes tavapõllumajandusega; Herbitsiiditolerantsus võib kanduda üle naabertaimedele, milleks on umbrohud ja nende muutumisel resistentseks mürkide suhtes suurendatakse kokkuvõttes herbitiidide kasutamist. Pestitsiidide kasutamisel toimub küll põhikahjurite vähenemine, kuid asemele tulevad sekundaarsed kahjurid, kes on saanud omale parema toidulaua ja seega suureneb ka pestitsiidide kasutamine ja tõenäoline on resistentsuse teke.