rahvast sundisid ristiusku pöörama. 1224. aastal alustati Viljandis kivilinnuse ehitust, mida korralda mõõgavendade ordu meister Volquini. Kivilinnuse ehitus kestis üle 300. aasta. Selle aja jooksul sai Viljandist poliitiliselt ja majanduslikult mõjuvõimsa komtuuri residents ja komtuurkonna keskus. Linnuse põhjaküljele tekkinud asulale antud linnaõiguseid mainitakse esimest korda 1283. aasta. Viljandi linna nimi esines ka esimest korda hansadokumentides 1346. aastal. Linn purustati korduvalt Liivi sõjas (15581583) ja Poola-Rootsi sõdades (16001622), mille käigus kadusid ka linnaõigused. Viljandi linn sai uuesti linnaõigused alles 1783. aastal mil Katariina II sai haldusreformi käigus asustatud Viljandi maakonna keskus ja see on tänaseni. Viljandi linna pindala on Pindala: 14,57 km² ja 19 100 elanikku. Neist suurem osa eestlased, väiksem osa venelasi, soomlasi, lätlasi, valgevenelasi jt.
Reformatsioon 1517 Martin Luther otsustas Katoliku kirikuga diskussiooni astuda (algatas usupuhastuse). Ta esitab 95 teesi, kutsudes Katoliku kiriku vaidlusesse. Piibel tõlgiti saksa keelseks. 1523 reformatsioon jõuab Eestisse 1524 pildirüüste, rünnatakse Katoliku kirikuid (hävitati sisustust) 1525 Luterlus sai Eestis võimule 9. Viljandi 13.sajand 1283 linnaõigus Elanikke oli umbes 1000 1500, pindala oli 4 hektarit. 14. sajand 1346 Viljandi esmakordne nimetamine hansadokumentides Umbes1500 elanikku Tegevusalad transiitkaubandus, käsitöö Head suhted olid Lääne-Euroopaga, toodi sisse veine kangaid jms. Majad olid ehitatud puidust. Viljandi keskuseks oli praegune Laidoneri plats, kus oli sel ajal turg, läheduses asus kirik, raekoda ja kool. Kirjalikud andmed sellest ajast puuduvad, sest oli palju põlenguid, mis hävitasid andmed. 15. sajand 1481 Ivan III saadetud Pihkvasse, Novgordi ja Moskva ühendväed piiravad Viljandi linna ja linnust. 1.märtsil
Just Sakala ja tema keskus Viljandi oli peamiseks takistuseks Eesti alade vallutamisel. Pärast Viljandi langemist sakslaste võimu alla alustati linnuse kivikindluseks ümberehitamist. Sellest sai üks Baltimaade võimsaim kindlustus-kompleks, mille ümber hakkas kasvama ka kaupmeeste ja käsitööliste asula. 1283. aastal sai Viljandi linnaõigused. Viljandit soosis hea asukoht, linna läbis kaubatee suunaga Tartu poole. Viljandit kui hansalinna mainitakse hansadokumentides juba 1346. aastal. Linna rahulik areng kestis 1481. aastani, mil Viljandi alla ilmusid Ivan III väed. Venelastel õnnestus linn põlema süüdata ja seejärel ka vallutada, kuid linnus osutus nende jaoks liiga tugevaks. Uued katsumused said linnale osaks seoses Liivi sõja algusega 1558. aastal. Viljandi alad läksid Vene võimu alla, veidi hiljem (1582) Poola võimu alla. Lühike Liivi sõja järgne hingetõmbeaeg lõppes Viljandile PoolaRootsi sõdade algusega 17. saj