17 0.512734 212.107.32.204 eero.mshome.net HTTP .. HTML kood.. 1494 .. pildi URL-iga 54 4.714798 reklaam.www.ee eero.mshome.net HTTP /reklaam/img/rek/ed_sisu.gif 1494 kahendkoodi osa.. 81 5.216595 reklaam.www.ee eero.mshome.net HTTP HTTP/1.1 200 OK 1494 Mille igale fragmendile saadeti kinnitus: No Time Source Destination Prot Info Pikkus ocol (B) 1783 > 80 [ACK] eero.mshome.net Seq=1974654348 10 0.286403 (nüüd ja alati 212.107.32
b) Biotiini või digoksigeniiniga märgitud DNA kemoluminestsents c) Kõik meetodid sobivad d) Radioaktiivselt märgitud nukleiinhapete autoradiograafia e) Flourestsentsmärgisega märgitud nukleiinhappe ergastamisel saadud valguse emissiooni mõõtmine fotodetektori abil 7. Kui teatud fragmendi amplifitseerimiseks inimese genoomsest DNA-st polümeraasi ahelreaktsiooni (PCR-i), siis saadi reaktsiooni tulemusel lisaks oodatava suuurusega fragmendile veel mitmeid erineva suurusega produkte. Kuidas peaks muutma PCR-i protokolli, et saada lahti täiendavatest PCR-i produktidest? a) Tõsta DNA sünteesi temperatuuri 70°C-lt 74°C-ni b) Tõsta DNA sünteesiaega kolmelt minutilt nelja minutini c) Vähendada PCR-i tsüklite arvu 30-It 24-ni d) Tõsta praimerite liitumistemperatuuri 52°C-It 56°C-ni e) Tõsta DNA denaturatsiooni temperatuuri 94°C-It 96°C-ni 8
o Ümberasetusreaktsioon ühe reagendi sidemete ja aatomite ümberpaigutuse tulemusena moodustub teine, esimesega võrrelde isomeerne produkt Reaktsioonimehhanism kirjeldab: o Millised sidemed katkevad, tekivad o Mis järjekorras sidemete katkemine/tekkimine toimub o Millised vaheühendid tekivad ja kaovad o Millised on üksikud elementaarreaktsioonid, nende kiirused, tasakaalud jne. Sideme homolüütiline katkemine kummalegi fragmendile jääb üks elektron, moodustub kaks radikaali, radikaalilised reaktsioonid(homogeenne liitumine, homolüütiline katkemine) Heterolüütiline katkemine keemilist sidemet moodustanud elektronpaar jääb ühe fragmendi juurde, moodustuvad katioon ja anioon. Polaarsed reaktsioonid (heterogeenne liitumine, heterolüütiline katkemine) iooniline on polaarse erijuht. Brönsted: Hape on aine, mis loovutab prootoneid
2. Praimerite seondumine DNA ahelatega. Praimerite seondumine ehk annealing toimub 5070 °C juures. Selleks, et kinnitustemperatuur mõistlik oleks, tulebki praimerid teha 20 nukleotiidi pikkused. Sellisel juhul ongi nende sulamistemperatuur vajalikus vahemikus. 3. DNA süntees. Kui praimerid on amplifitseeritava DNA järjestuse kahelt poolt kindlaks teinud ja piiranud, sünteesib termostabiilne DNA polümeraas praimerite 3' otsast alates mõlemale DNA üksikahela fragmendile komplementaarse fragmendi, kasutades selleks segusse lisatud nukleotiide. Protseduur toimub 72 °C juures ning selleks kasutatakse termostabiilset Taq polümeraasi. Neid tsükleid korratakse 2030 korda, et amplifitseerida piisav arv DNA molekule. 45. Kuidas on polümeraasi ahelreaktsioon muutnud geenitehnoloogiat? PCR on muutnud DNA kloonimise muutnud palju kiiremaks ja lihtsamaks. PCR abil saab haiguste diagnostikat teha palju väiksema koguse DNA-ga. Üheks tähtsaks PCR-i
Nende seondumine DNA-ga on vajalik, kuna alad, kuhu praimerid kinnituvad, on fragmentide sünteesi initsiaatoriteks. Praimerid seonduvad komplementaarsusprintsiibi alusel mõlemale poole piirkonda. Kui praimerid on amplifitseeritava DNA järjestuse kahelt poolt kindlaks teinud ja piiranud, sünteesib termostabiilne DNA polümeraas praimerite 3’ otsast alates mõlemale DNA üksikahela fragmendile komplementaarse fragmendi, kasutades selleks segusse lisatud nukleotiide. Näitab mis järjestus DNA-s on. DNA polümeraas pikendab olemasolevat DNA ahelat, kuid selleks et DNA polümeraas saaks DNA- le kinnituda on vaja RNA molekule (praimerid), mis on komplementaarsed DNA molekuliga. Praimeri abil toimub ka sekveneerimine, sest siis on erinevate DNA molekulide algused samad. Milline meetod on reaalaja PCR? Reaktsiooni segusse pannakse täiendav praimer, mis jääb polümeerile ette. Selle
15. Miks toimub mahajääval ahelal DNA süntees katkendlikult? Sest replikatsiooni kahvel liigub 5’ →3’ suunas, polümeraas ei oska vastupidises suunas nukleotiidahelat sünteesida. Polümeraasil on vaja vaba 3’ hüdroksüülrühma, mille külge haakuda 1) Viivisahelal on ahela ühes otsas RNA praimer ja teises otsas sünteesib DNA primaas uue RNA praimeri. 2) DNA polümeraas seondub uuele RNA praimerile ja sünteesib Okazaki fragmendile uue DNA ahela kuni vana DNA praimerini 3) Eksonukleaasidega eemaldatakse RNA praimer ja asendatakse okazaki fragmendiga 16. Imetaja DNA replikatsiooni kahvel Inimese rakutuumas sünteesitakse juhtiv ja mahajääv ahel Pol α ja Pol δ abil ning mitokondris Pol γ abil. Juhtivalt ahelalt liigub replikatsioonikahvel 3’-5’ suunas – see võimaldab komplementaarse ahela sünteesi 5’→ 3’ suunas.
RNA praimer hiljem eemaldatakse ja asendatakse DNA polümeraasiga. Vahemik säilitakse ligaasi poolt. Üheahelaine DNA stabiliseeritakse kogu protsessi vältel spetsiaalse valguga. Kui replikatsioonikahvel kogu aeg avaneb, siis ühe DNA ahela süntees on pidev ehk toimub kogu aeg. Teisel juhul läheb ta kahvlist eemale ja on teistpidi (süntees toimub väikeste fragmentidega, mis omavahel pandakse kokku). Ahelate peal DNA süntees ongi erinev oma mehhanismilt. Igale fragmendile sünteesitakse alati juurde oma väike RNA (et süntees saaks toimuda). Süntees toimub sinnamaani kui pikk konkreetne ahel on. Tegelikult kahe ahela süntees ongi erinev ja selle pärast, et geeniliselt ei saa nukleotiide külge panna vastassuunas. Kui fragmendid on, siis DNA ligaas paneb fragmendid kovalentselt kinni. Seda nimetakse tühimiku sulgemiseks, saadakse pidev konkreetne ahel. Süntees viirustel Katkemine, moodustub 5' ots kui praimer
annaabi.ee 
