HindIII on seega: a) Tüüp 1 restriktaas, mis annab DNA lõikamisel 3' üleulatuva otsa b) Antud ensüüm annab DNA lõikamisel tömpotsa c) Tüüp 2 restriktaas, mis annab DNA lõikamisel 5' üleulatuva otsa d) Tüüp 1 restriktaas, mis annab DNA lõikamisel 5' üleulatuva otsa e) Tüüp 2 restriktaas, mis annab DNA lõikamisel 3' üleulatuva otsa 14. Kuidas nimetatakse restriktsioonilisi endonukleaase (restriktaase), mis tunnevad ära ühe ja sama DNA järjestuse ning lõikavad seda sarnaselt, aga pärinevad erinevatest bakteriliikidest? a) Neoskisomeerid b) Isoskisomeerid c) Isokaudomeerid 15. Leidke iga järgneva eksperimendi jaoks allpool toodud meetoditest sobiv a) Mutatsiooni analüüsimiseks uuritavas DNA-s - kasutatakse alleelspetsiifilist PCR-i b) Teatud geeni ekspressioonitaseme hindamiseks - eraldatakse mRNA ja tehakse Northern blot
uue raku nakatamisel) Rakkude lüüsimise tulemusena vabaneb iga nakatatud raku kohta 200-350 uut PFU-d. Endonukleaasid ja DNA metüültransferaasid Chlorella viiruse DNA sisaldab 5mC ja 6mA jääke positsioonides, mis erinevad peremehe DNA metüleerimissaitidest. See metüleerimine toimub viiruse poolt kodeeritud 5mC ja 6mA- metüültransferaaside poolt. Lisaks modifikatsiooni-ensüümidele (mõnel viirusel kuni 18 erinevat) kodeerib PBCV-1 veel ka DNA-sait-spetsiifilisi endonukleaase (restriktaase). Seega on vetikate viirused esimeseks mitte-prokarüootseks restriktaase kodeerivaks süsteemiks. Chlorella viiruste poolt kodeeritud restriktaaside lõikamissaidid: - Võivad sarnaneda bakteriaalsete restriktaaside saitidele (nt. R.CviAI lõikab GATC järjestust). - Olla unikaalsed (nende puhul pole bakteriaalseid analooge teada). - Asuda ainult ühes ahelas – vetikate viirustele on omased ka järjestus- spetsiifilised nikeerimisensüümid (nt
3)seeneriik kõik heterotroofid, kasutavad teiste organismide sünt org ainet. 4)loomariik 41. Algloomade raku ehitus. Vibur! Võivad sisaldada ka kloroplaste. 42. Seeneraku ehitus. Samad organellid, mis loomsesrakus, taimedele omased plastiidid puuduvad, sh vakuoolid. Üherakulised seened on ümarad, kuid hulkraksed, hüüfemoodustavad seened on niitjad, otste kaudu liiguvad organellid ja rakutuumad. 43. Restriktaasid. Paljud bakterid produtseerivad ensüüme, restriktsioonilisi endonukleaase e. klass II restriktaase, mis tunnevad kindlaid 4 8 aluspaari pikkusi DNA järjestusi ning lõikavad DNA d ainult nendest spetsiifilistest kohtadest. Nii kaitsevad restriktaasid baktereid näit faagide sissetungi eest, lagundades nende DNA enne, kui faag jõuab mikroobi kahjustada. Omaenese restriktaaside suhtes on bakterid resistentsed, sest bakteri enda genoomis on need järjestused kaitstud adeniini ja tsütosiini jääkide metüleerimisega.
leidmiseks RT-PCR – reverse transcriptase PCR, RNA kopeeritakse pöördtranskriptaasi kasutades cDNAks, seega vaja mRNAd. cDNA amplifitseeritakse Alleelspetsiifiline PCR – praimeri 3’ ots on disainitud nii, et see seostuks täpselt mutatsiooni kohta. Kui ei seondu, ei ole mutatsiooni DNAd võib kloneerida kasutades spetsiaalseid rakkuliine, selleks on vaja tüüp II restriktsiooni endonukleaase. Restriktaasid tunnevad ära kindlaid palindroomseid (järjestus on mõlema ahela 5’-3 suunas sama) DNA järjestusi ja on võimelised neid kindlas piirkonnas kindlas suuruses (tüüpiliselt 4-8 kb pikk) lõikama, tekitades ülekattuvate otstega fragmente, mis on samaaegselt identsed ja kompelmentaarsed, et saaks komplementaarselt paarduda. Lõigatud DNA fragmente saab sisestada sarnaselt lõigatud vektorisse, mis kannab replikatsioon origini, et rakus iseseisvalt replitseeruda.
(1) avastada ja klassifitseerida seni tundmatuid mikroorganisme; (2) identifitseerida juba tuntud mikroorganisme ja nende alavariante; (3) leida mutatsioone ja hinnata nende seost fenotüübiliste tunnustega; (4) hinnata erinevate mikroorganismide tüvede omavahelist seotust. NUKLEIINHAPETE ENSÜMAATILINE RESTRIKTSIOON pole nii täpne meetod kui sekveneerimine. Samas on restriktsioonanalüüs oluliselt odavam ja kiiremini teostatav. DNA ensümaatiliseks lõikamiseks kasutatakse endonukleaase e. restriktsiooniensüüme. Iga ensüüm tunneb ära kindla nukleotiidse järjestuse, mille pikkus on tavaliselt 4 kuni 8 67 nukleotiidi. See on restriktsioonikoht, kus toimub DNA ahela lõikamine. Tekkivate lõikude pikkus ja arv sõltub eeskätt lõigatava DNA pikkusest ja ensüümi tüübist. Näiteks ribotüpeerimise korral teostatakse bakteri kromosomaalse DNA restriktsioon, millele järgneb elektroforees ja Southern’ hübridisatsioon
annaabi.ee 
