Aastal 1558 abiellus ta Prantsuse dofääniga, aastast 1559 Prantsusmaa kuningas François II-ga, kes oli troonil 10. juulist 1559 kuni 5. detsembrini 1560. Sel ajal oli Mary Stuart Prantsusmaa kuninganna. François II suri 5. detsembril 1560. aastal. Mary Stuart naasis Sotimaale. Hiljem püüdis ta Hispaania, Prantsuse ja inglise katoliiklaste toetusel kukutada lastetut Inglismaa kuningannat Elizabeth I-st. 29. juulil 1565 abiellus Mary Holyroodi palees oma nõbu Henry Stuarti ehk lord Darnleyga. Abielu vihastas Elizabeth I-st, kuna temalt ei küsitud abiellumiseks luba. Mary Stuart ja lord Darnley olid aga Margaret Tudori järeltulijatena Inglise trooni pärijad. Mary hakkas oma meest tolle kõlvatu käitumise ja ebameeldiva iseloomu pärast põlgama, kuid ei tahtnud abielu lahutada, kuni tal polnud sündinud troonipärijat. Darnley vangistas vahepeal Mary ning tappis tema erasekretäri, soovides kuningavõimu endale haarata. 1566
vanatestamentliku rangusega. Calvini õpilane John Knox nõudis katoliiklasest kuninganna kukutamist. Inglismaa toetusel alustati sõjategevust prantslaste vastu, sundides nad Šotimaalt lahkuma. Kalvinistlik kirik muudeti 1567. aastal Šoti riigikirikuks. Prantslaste toetuseta jäänud kuninganna pidi juunis 1567 loobuma troonist poeg James VI kasuks. Prantsusmaal leseks jäänud Mary Stuart abiellus Šotimaal lord Henry Darnleyga, kellega peagi tekkisid lahkhelid. Sidunud end ühe Itaalia rändmuusikuga, pidi Mary pealt nägema, kuidas Šoti aristokraadid otse tema silme ees tema favoriidi surnuks pussitasid. Uued suhted tekkisid Maryl Bothwelli krahvi James Hepburniga. Veebruaris 1567 lendas Mary seaduslik abikaasa lord Darnley oma majaga õhku. Kui siis sellele järgnes Mary laulatus mõrvas kahtlustatud Bothwelli krahviga, oli šotlaste kannatuste karikas täis. 1568
Calvini õpilane John Knox nõudis katoliiklasest kuninganna kukutamist. Inglismaa toetusel alustati sõjategevust prantslaste vastu, sundides nad Sotimaalt lahkuma. Kalvinistlik kirik muudeti 1567 soti riigikirikuks. Prantslaste toetusest ilma jäänud kuninganna pidi juunis 1567 loobuma troonist poeg James VI kasuks. Lisaks Mary Stuarti katoliku usutunnistusele ärritas soti kalviniste ka kuninganna eraelu. Prantsusmaal leseks jäänud Mary Stuart abiellus Sotimaal lord Henry Darnleyga, kellega peagi tekkisid lahkhelid. Sidunud end ühe Itaalia rändmuusikuga, pidi Mary pealt nägema, kuidas soti aristokraadid otse tema silme ees favoriidi surnuks pussitasid. Uued suhted tekkisid Maryl Bothwelli krahvi James Hepburniga. Veebruaris 1567 lendas Mary seaduslik abikaasa lord Darnley oma majaga õhku, kui sellele aga järgnes Mary laulatus mõrvas kahtlustatud Bothwelli krahviga, oli sotlaste kannatuste karikas täis.