Temaga koos töötas ülemaednik C.Bartelsen.Peale Bartelseni tuli N. Kuznetsovi 1895-1915 uueks direktoriks, kelle käe all toimus mitmeid uuendusi, ja taime taksonite arv küünids kümne tuhandeni.Järgneval perioodil vaheldusid juhatajad üsna sageli - N. Popov 1915-1917, M. Tswett 1917-1918, P. Claussen 1918, H. Riikoja 1918- 1919, F. Bucholtz 1919-1923, M. Kaho 19231924. Aia uus ülestöötamine algas E. Spohri käe all 1924-1930 ja Saksamaalt kutsutud õpetatud aedniku F. Boerneri koostöös. Edenemine jätkus direktor T. Lippmaa ja õpetatud aedniku J. Pordi ajal. Ennekõike õppetöö vajadustest lähtuvalt korraldati, täiendati ja loodi uusi osakondi, inventeeriti ja kontrolliti kogusid 1943.a Sõja ajal hävisid pommitamise pärast peahoone, kasvuhooned ja samuti leidis ka oma lõpu Lippmaa.Taimi hakata päästma, viies neid ülikooli ruumidesse. Taastamistööd võttis enda kanda A. Vaga aastatel 1944-1956. Pärast A. Vaga
publiku jaoks. Direktori N. Kuznetsovi ajal (1895-1915) toimus aia silmnähtav areng, ulatuslikult remonditi hooneid, arendati taimegeograafilisi osakondi - Kaukaasia, alpitaimede, stepitaimede väljapanekud. Lühikeseks ajaks küündis taksonite arv aias kümne tuhandeni. Taimesüstemaatika osakond seati ümber Engleri süsteemi järgi. Aia uus ülestöötamine algas direktor E. Spohri (1924-1930) ja Saksamaalt kutsutud õpetatud aedniku F. Boerneri (1923-1930) koostöös. Edenemine jätkus direktor T. Lippmaa (1930- 1943) ja õpetatud aedniku J. Pordi ajal. Ennekõike õppetöö vajadustest lähtuvalt korraldati, täiendati ja loodi uusi osakondi, inventeeriti ja kontrolliti kogusid, tulemusena andis T. Lippmaa 1937. a. välja kapitaalse teose "Tartu Ülikooli Botaanikaaia süstemaatilised ja taimegeograafilised kogud". Sõja ajal (1943) hävisid linna pommitamise tõttu peahoone ja kasvuhooned, hukkus direktor Lippmaa
alpitaimede ja stepitaimede väljapanekud. Lühikeseks ajaks küünis taksonite arv aias kümne tuhandeni. Taimesüstemaatika osakond seatakse ümber Engleri süsteemi järgi. Järgneval perioodil vaheldusid juhatajad üsna sageli - N. Popov 1915-1917, M. Tswett 1917-1918, P. Claussen 1918, H. Riikoja 1918-1919, F. Bucholtz 1919-1923, M. Kaho 1923–1924. Aia uus ülestöötamine algas direktor E. Spohri (1924-1930) ja Saksamaalt kutsutud õpetatud aedniku F. Boerneri (1923-1930) koostöös. Edenemine jätkus direktor T. 3 Lippmaa (1930-1943) ajal. Ennekõike õppetöö vajadustest lähtuvalt korraldati, täiendati ja loodi uusi osakondi. Sõja ajal (1943) hävisid linna pommitamise tõttu peahoone ja kasvuhooned, hukkus direktor Lippmaa. Kasvuhoonetaimi päästeti paigutades neid laiali ülikooli ruumidesse. Taastamistööd langesid A. Vaga (1944-1956) õlgadele. Seejärel on aia tegemisi juhtinud H.