Vales kohas avalduv Hox'i geen viib hoopis teistsuguse kehaosa arenguni. Lisaks oma segmentidele suhtlevad Hox'i geenid omavahel, et pidada ülal kohaseid ekspressioonidomeein piire. Üldiselt surub rohkem tagakehapoolsem geen alla rohkem eeskehapoolsema geeni avaldumise. Evolutsioonilised muutused Hox'i geenides ja nende aktiivsuses võivad olla kehade seaduspärasuste muutuste põhjuseks. Traditsioonilisteks Hox'i geenideks on labial, proboscipedia, Deformed, Sex combs reduced, Antennapedia, Ultrabithorax, abdominal-A, and Abdominal-B. Lisaks veel Hox3 ja fushi tarazu, mida arvatakse funktsioneerivat Hox'i geenidena alg-lülijalgsetes. (Hughes, Kaufman, 2002) 5 Lülijalgsete pea probleem Lülijalgsete pea probleemiks on erinevate lülijalgsete alamhõimkondade erinev pea segmentide ehitus. Vaidlused on tavaliselt keskendunud suu-eelsele piirkonnale: millistele
Arenguliselt reguleeritud geenide (näit. keha segmentatsiooni kontrollivad geenid äädikakärbses=homeootilised selektorgeenid) ekspressiooni regulaatorid on nn homeobox valgud e homeodomäänsed valgud. Sarnased loomades ja taimedes, st tekkinud evolutsioonis enne nende organismirühmade lahknemist. Nende geenid sisaldavad 180 bp piirkonna mis kodeerib 60 aminohapet ja mida nim homeobox-iks. Mutatsioonid nendes geenides põhjustavad dramaatilisi muutusi arengus, näiteks Antennapedia geeni mutandis tundlate asemel jalgade teket Drosophila'l. Põhjus on see, et tundlaks arenevas rakkude rühmas ekspresseeritakse ebanormaalset regulaatorvalku, mis lülitab sisse jalgade diferentseerumise. Homeobox geenideks taimedes on nn MADS box geenid. Mutatsioonid nendes geenides põhjustavad teatud õieosade puudumist või asendumist teistega tolmukate asendumist kroonlehtedega jne. Kokkuvõtlikult individuaalsete geenide transkriptsioon on sisse/välja lülitataud
tugevaid RNA sekundaarstruktuure ja sageli ka kümneid AUG koodoneid. Selliste mRNA-de translatsiooni initsiatsioon ei saa toimuda skaneerimise teel. On teada, et nende mRNA-de sekundaarstruktuurid juhivad kuidagi 40S alaühiku õige initsiaatorkoodoni lähedale. Sisemist translatsiooni initsiatsiooni suunav struktuuri mRNA's kannab nime IRES (internal ribosome entry site). Sellist cap-st sõltumatut translatsiooni kasutavad mitmed rakulised mRNA-d (TBP, FGF2, IGF2, antennapedia, ultrabithorax, eIF4G, BiP jt) ja paljud viiruste mRNA-d. Sisemist initsiatsiooni kasutavad rakulised mRNA-d kodeerivad enamasti proto-onkogeene või arengugeene, mille ekspressiooni on oluline täpselt reguleerida. Paljud viirused kasutavad cap-st sõltumatut translatsiooni initsiatsiooni, et selektiivselt inhibeerida peremeesraku cap-st 32
Need mRNA-d sisaldavad 5’ mittekodeerivas osas tugevaid RNA 36 sekundaarstruktuure ja kümneid AUG koodoneid. Selliste mRNA-de translatsiooni initsiatsioon ei saa toimuda skaneerimise teel. Nad juhivad kuidagi 40S alaühiku õige initsiaatorkoodoni juurde. Sisemist translatsiooni initsiatsiooni suunav struktuur mRNA-s – IRES – internal ribosome entry site. Cap-sõltumatu translatsiooni kasutavad mitmed rakulised mRNA- d (TBP, FGF2, IGF2, antennapedia, ultrabithorax, eIF4G, BiP jt) ja viiruste mRNA-d. IRES on sisemine ribosoomi seondumiskoht. Need on enamasti mRNA sekundaarsed struktuurid. Pole vaja skaneerimiseks ja cap-iga seondumiseks vajalikke valke. Seda kasutavad ära mitmed RNA-viirused 5’ ― IRES ― 3’. Ühel viirusel on kaasas proteaas, mis tõmbab IF4 pooleks. Raku valgusüntees peatub ja viiruse valgusüntees IRES-i abil saab toimuda. Sisemist initsiatsiooni kasutavad rakulised mRNA-d kodeerivad enamasti proto-
annaabi.ee 
