ATP hulga kaudu reguleeritakse rakkude kasvu ka kaudselt. ATP kontsentratsiooni langedes reorganiseeritakse bakteri transkiptsiooniaparaat ümber rRNA geenide transkriptsioonilt stressi vastuse geenide transkriptsioonile. 49 ATP kontsentratsiooni langedes inhibeeritakse RpoS-i lagundamine, mis on stressi sigmafaktor. Aminohapete kättesaadavust tunnetatakse alarmooni (p)ppGpp (guanosiintetrafosfaadi ja guanosiinpentafosfaadi) kaudu. Selle alarmooni süntees aktiveeritakse aminohapet mittekandva tRNA abil läbi allosteerilise RelA aktivatsiooni. Väike molekul (p)ppGpp toimib rRNA ekspressioonile kaheti, otseselt represseerides rRNA transkriptsiooni või üle regulaatori DksA. Peale rRNA geenide transkriptsiooni pärssimise, aktiveerib (p)ppGpp veel teatud aminohapete biosünteesi, mis leevendab aminohapete puudust. Aktiivse kasvu ajal E
terminaatorjärjestusega. Globaalne regulatsioon aminohapete nälja puhul Kui keskkonnatingimused muutuvad toitainete ammendumise tõttu ebasoodsamaks, vallandub rakkudes esmalt nn "stringent response" (SR). SR vallandub rakkudes vastusena aminohapete näljale ja võimaldab neil adapteeruda tingimustes, kus energiaressursid on väiksemad. "Stringent response" tulemusena toimuvad geenide ekspressioonitasemes globaalsed muutused. SR-i vallandumiseks sünteesitakse alarmooni ppGpp, mille toimel: väheneb nii RNA kui ka valkude süntees, langeb rRNA ja tRNA geenide transkriptsioon ning sellest tulenevalt väheneb ka ribosoomide hulk antud tingimustel optimaalse tasemeni. Samuti on inhibeeritud DNA replikatsiooni initsiatsioon ning rakukesta komponentide ja fosfolipiidide biosüntees. Samas on aktiveeritud aminohapete biosüntees ning tõusnud translatsiooni täpsus. ppGpp süntees
SR tulemusena väheneb nii RNA kui ka valkude süntees, võimaldades rakkudel adapteeruda uue keskkonnaga. Eriti markantselt langeb rRNA ja tRNA geenide transkriptsioon ning sellest tulenevalt väheneb ka ribosoomide hulk antud tingimustel optimaalse tasemeni. Samuti on inhibeeritud DNA replikatsiooni initsiatsioon ning rakukesta komponentide ja fosfolipiidide biosüntees. Samas on aktiveeritud aminohapete biosüntees ning tõusnud translatsiooni täpsus. SR-i vallandumiseks sünteesitakse alarmooni ppGpp ning eespool kirjeldatud muutused rakkude füsioloogilises seisundis leiavad suures osas aset just vastusena selle molekuli olemasolule rakkudes. ppGpp süntees ppGpp-d sünteesitakse siis, kui rakus on aminohapete nälg ja selle tulemusena seondub transleeriva ribosoomi aktseptorsaiti laadimata tRNA molekul. Siis translatsioon peatub ning aktiveerub ribosoomi 50S subühikuga seondunud RelA. RelA on (p)ppGpp süntetaas I, mis katalüüsib ATP-lt pürofosforüülrühma