Miks esineb vajadus kiipide järele? 1.Uurimaks genoomi mutatsioonide osas mitmetes geenides 2.Uurimaks genoomi SNP-de osas tuvastamaks aheldatust 3.Uurimaks toiduaineid potensiaalsete patogeenide tuvastamiseks 4. Transkripti olemasolu ja koopianumbrite leidmiseks kas genoomses DNA-s või transkribeeritud RNA Mikrokiipide tehnoloogiad: Esineb kaks põhilist mikrokiibi valmistamise tehnoloogiat mis mõnevõrra kattuvad: 1. Oligonukleotiidide süntees in situ kiibil endal: n. Affymetrix® Gene Chips (oligo- v6i geenifragmendid "ESTd", n.n. cDNA kiibid) Affymetrix Gene Chip TM: -Valmistatakse tuhandete lühikeste oligonukletiidide in situ sünteesi teel klaasmaatriksil -Kiibil vastab 16-20 nukleotiidine ahel ühele kindlale geenile -Igale oligole kiibil vastab veel teine, mis erineb vaid ühe nukleotiidasenduse poolest -Võrreldakse proovi intensiivsust kahe partneroligo vahel -Mõõdetakse geeniekspressiooni absoluutset taset 2. Otsene DNA deposeerimine (spottimine):
DNA mikrokiip kujutab endast väikest 2-mõõtmelist DNA fragmentide kõrgtihedat maatriksit, mis on kindlas järjekorras sünteesitud või trükitud klaas või silikoon kiibile. DNA fragmentide hübridiseerumine fluorestseeruva prooviga detekteeritakse spetsiaalse aparatuuriga. Kliinilises praktikas ei ole DNA kiibid bakterite/viiruste diagnostikas erilist kasutust leidnud (liiga keeruline, ebakindel). Affymetrix, Qiagen , Nanochip (16S rDNA) pakuvad erinevaid mikrokiipidel põhinevaid lahendusi mikroobide testimiseks 25. Mendeli seadused Mendeli I seadus ehk ühetaolisuse seadus- Homosügootsete vanemate ristamisel saadakse esimeses põlvkonnas genotüübilt identsed ja fenotüübilt sarnased järglased. Mendeli II seadus ehk lahknemisseadus- Homosügootsete vanemate monohübriidsel ristamisel
heterokromatinisatsioon) uurimine. 9. Genoomika tüübid Funktsionaalne genoomika Võrdlev genoomika Arvutigenoomika Metagenoomika a. Struktuurne genoomika b. Personnaalne genoomika 10. Mikrokiiptehnoloogia DNA-mikrokiiptehnoloogia (ingl. DNA microarray technology)- Molekulaarbioloogias kasutatav multiplekstehnoloogia, kus tahkele kandjale (klaas, silikon Affymetrix-kiipidel või kuulikestele Illumina platformil) kovalentselt kinnitatud kümneid tuhandeid spetsiifilisi oligonukleotiidseid järjestusi hübriiditakse spetsiifiliste cDNA- või cRNA-proovidega. 11. Immuunsüsteemid immuunsüsteem (ingl. Immune system)- Organismide bioloogiliste struktuuride ja protsesside süsteem, mis kaitseb organismi haiguste eest, tappes patogeene ja kasvajarakke. Kemikaalid, viirused, kiirgused, bakterid. 12. Kaasasündinud immuunsus
Kui mutatsioon esineb, ei saa muteerunud osa korralikult seostuda vastavale osale. Vastavat regiooni on seejärel võimalik lähemalt uurida. Veel tavalisi kasutusvõimalusi: · ekspressioonitaseme võrdlemine · sekveneerimine · genotüpiseerimine · kvantifikatsioon genoomide analüüs: mutatsioonide, SNPde tuvastamine · kvalifikatsioon ekspressiooni profileerimine · Eri patogeenide tuvastamine (tollis) Loetakse fluorestsentsanduritega. Affymetrix Gene ChipTM: Klaasil kovalentse linkeri abil fotoaktiivsed järjestused, mask ees. Vahel avatakse teatud positsioonid maskis ja lisatakse mingi nukleotiid, mis ühineb -> protekteeritakse -> mask ette tagasi -> avatakse järgmised positsioonid. Nii sünnibki jupphaaval oligonukleotiid. Oligokiibid: Uuritakse absoluutset geeniekspressiooni taset kui palju saab sekveneerida (?) SNPde genotüpiseerimine
annaabi.ee 
