hüdrofoobne ja millest on see tingitud. 9. Kuidas kalssifitseeritakse organisme süsinik-ja energiaallika ning hapnikusse suhtumise järgi? 10.Kirjutage mingi pürimidiinnukleotiidi struktuurvalem (lämmastikalus vabalt valida). Andke selle nukleotiidi nimetus, iseloomustage komponente ning neid ühendavaid keemilisi sidemeid. 11.Arvutage A, C, G ja T jääkide arv sellise organismi rakkude DNA’s, mille genoomi usurus on 25 000 kb (1kb=1000bp), kui on teada, et G jääkide sisaldus selles on 29%. 12.Mida tähendab DNA denaturatsioon? Milliste faktorite toimel DNA denatureerub? 13.Loetlege RNA põhitüübid, iseloomustage nende struktuure ja bioloogilist rolli. 14.Selgitage, a)milline on vitamiin A nimetus, b)mis on vitamiin A lähteühendiks/lähteühenditeks, c) milline on mitamiin A füsioloogiline toime, d) millistet toiduaneted vitamiin A sisaldub, millistes tema lähteühendid? 15
Mis teeb selle eriliseks? See on meie vahevektor ja see on väga hea kuna võimaldab sini-valge skriinimist ja seal on mõlemal pool EcoRV saiti EcoRI sait, ehk seda oli väga lihtne restriktaasidega lõigata. Kas sini-valge selektsiooni kasutamisel võib õige koloonia olla ka sinine? Miks? Vahel ikka juhtub. Insert võib olla väga väike, seega lacZ jääb terveks ja koloonia värvub ikkagi siniseks. Kui tahame 5kb suurusesse vektorisse ligeerida 1000bp pikkust inserti, siis kui palju vektorit peame 50ng inserdi kohta võtma? Soovitud vektori:inserdi suhe on 1:5. Vektor : 5000bp Insert: 1000bp 10ng Kuna suhe peab olema 1:5 50ng Vektor on aga 5 korda pikem kui insert, seega on see ka 5x raskem massi poolest, ehk peame selle 10ng viiega korrutama, et saada reaalse massi. Peame võtma 50ng vektorit. Praktiline töö nr. 6: Transformeerimine
oligonukleotiididest: Oligonukleotiide keemiliselt sünteesitakse (20-60mers) nii, et nende järjestused pärast annealingu moodustuksid kaksikahelat. In vitro süntees: sünteesitud oligonukleotiidid on projekteeritud nii, et moodustada baaspaare, mille vahel on tühikud. Suurte geenide süntees: rohkem kui 1000bp. Kogu geeni võib moodustada mitmetest oligonukleotiididest, millest 4-6 on omavahel kattuvad (overlapping). Fill-in meetod over-lapping oligonucleotides: Kaks 60-80 mer oligonukleotiide võib sünteesida overlapping otstega. 19. Kirjelda detailselt, kuidas on võimalik, kasutades kahte kattuvat oligonukleotiidi ja fill-in meetodit, konstrueerida sünteetiline geen ning see kloonida, sekveneerida ja ekspresseerida E.colis. Kuidas erinevaid etappe analüüsitakse?
3 1.4) On vaja ligeerida 100 ng 5000 bp pikkune plasmiid ja 1000 bp pikkune insert. Mitu ng tuleb võtta inserti, et see oleks ekvivalentne plasmiidiga (arvesse tuleb võtta nende 5-kordset pikkuste erinevust)? Mitu ng tuleks inserti võtta, kui ligeermisreaktsiooni panna inserti 3 korda rohkem kui ekvivalentne kogus plasmiidi? Ekvivalentne kogus oleks 20 ng (1000bp*100ng/5000bp). Tegelikkuses peaks võtma 3x rohkem ehk 60 ng. 4 Töö nr 2: Ligeeritud produktide transformeerimine E.coli rakkudesse. Lähteained: Ligeeritud genoomne DNA (6 l). TE, 10 mM Tris-HCl, pH 7,5; 1 mM EDTA-Na2. E.coli DH5 alfa kompetentsed rakud (valmistamist vaata lisast)
annaabi.ee 
