Reformatsioon lõppes 1555. aastal Augsburgi usurahuga, milles sätestati, et Saksa- Rooma riigi valitsejad võivad olla nii protestandid kui ka katoliiklased. Ka lihtrahvale olid lubatud nüüd valida luteri ja katoliku usu vahel. Reformatsioon levis teistesse maadesse ja piiblid ilmusid rahvuskeeltes. Sveitsis juhtis reformatsiooni Ulrich Zwingli Teda mõjutasid Lutheri õpetused kuid ta esitas siiski pigem enda seisukohti. Erinevalt Lutherist toetasid Zwinglit Zürichi linnavõimud ja tema õpetus levis üle Sveitsi. 1525. aastaks oli kirikutes tehtud palju muudatusi, näiteks kõrvaldatud maale, lihtsustatud jumalateenistusi ning asutatud kirkukoole. Teine reformatsiooni mõjukas vaimne liider oli Johann Calvin (1509-1564). Calvin arendas Zwingli õpetust. Ta lähtus usuküsimuste tõlgendamisel ainuüksi piiblit, mitte kiriku traditsioonist ja kirikuisadest, kuid tema arvates oleks pidanud pühakiri olema ühiskonna ilmaliku poole
ja Zwingli Marburgis (Marburger Religionsgespräch), kuid üksmeelele ei jõudnud. Lutheri meelest oli armulaud osasaamine Kristuse ihust, Zwingli seevastu pidas seda vaid sümboolseks mälestuspühaks, tõdedes, et ,,ei või olla, et 30-aastane inimene võiks peituda taignatükis sellisel viisil, et teda seal ei märgataks." Zwingli tahe viia usupuhastus läbi ka katoliku usu juurde jäänud Sveitsi kantonites vallandas kodusõja. 1531. aasta oktoobris toimunud Kappeli lahingus said Zwinglit toetanud Zürichi väed maakantonitelt lüüa, Zwingli ise hukkus. See peatas mõneks ajaks reformatsiooniliikumise Sveitsis ning kindlustas osades kantonites katoliku usu püsimajäämise. Uue hoo reformatsioonile andis Pariisist protestantlike vaadete pärast Baselisse põgenenud Johann Calvin (prantsuspäraselt Jean Cauvin) (150964), kelle 1536. aastal avaldatud ,,Ristiusu õpetus" (Christianae religionis institutio)