Väiksem genoom M.genitalium 517 geeni (genoomi suurus 580 kb), suurim M.xanthus 9,2 Mb. Genoomi suurus sõltub geeniduplikatsioonidest (sage arhebakteritel) ja korduselementide olemasolust ning arvust. ~85% genoomist valke kodeeriv (parasitaarsel M.lepraevaid 47,5%). GC hulk varieerub 67%-25%. Eukarüootidest erinev koodonite kasutamissagedus 5. Prokarüootsete mudelorganismide genoomiprojektid (E.coli, bakteriofaagid, multiresistentsuplasmiidid) Bakteriofaag X174 genoom: Bakteriofaagide genoom enamasti kaheahelaline DNA (ka üheahelaline DNA või RNA). Suurus 1.6 kb 150 kb, umbes 200 geeni, lugemisraamid tihti kattuvad. E. coli sekveneeritud 1997 a. Genoom 4 639 221 bp. 4289 geeni (2657 valke kodeerivad, 1632 funktsioon teadmata). Neljandik geenidest organiseeritud 75 operoni. Enamik geene esindatud ühe koopiana v.a. rRNA geenid. Multiresistentsuplasmiid pTP10: autonoomselt replitseeruvad, sümbiontsed või
TARTU ÜLIKOOL LOODUS- JA TEHNOLOOGIATEADUSKOND MOLEKULAAR- JA RAKUBIOLOOGIA INSTITUUT Koostu tegemine algusest peale: mida iga bioloog peaks teadma Referaat TARTU 2014 Sissejuhatus Esimene täielikult sekveneeritud genoom kuulub bakteriofaagile -X174. Edukas viirusegenoomi DNA järjestuse kindlaks tegemine kannustas ette võtma mahukamaid projekte ja üks kulukamaid nende seas on ,,Inimese genoomi projekt" (HGP, inglise keeles the Human Genome Project). Tänaseks on välja töötatud järgmise põlvkonna sekveneerimismeetodid (NGS, inglise keeles next-generation high-throughput sequencing), mis nõuavad üha vähem ajalisi ja rahalisi ressursse. Selline soodus
viiruse geneetilist informatsiooni. Kapsiidi sümmeetria: 1. Helikaalne (TMV, faag M13;) TMV (Tubaka Mosaiigiviirus): 6400 nt, 2130 identset valgu subühikut pakitud helikaalselt ümber ssRNA, iga valgu subühik interakteerub 3 nt-ga. Assambleerumise ühikuks 34 subühikut. 1955. a. näitasid Fraenkel-Conrat ja Williams, et dissotseerunud valgud ja NH on võimelised spontaanselt reassambleeruma. 2. Ikosaeedriline - 12-nurkne 20 võrdkülgse kolmnurgaga hulktahukas. Näit. faag X174, adenoviirused, pikornaviirused. Kui kapsiidis on rohkem kui 60 subühikut, on kapsiid kvaasi-ekvivalentne. Viiruste ümbris ehk kest esineb peamiselt loomaviirustel. Ümbris pärineb peremeesraku membraanist; herpesviiruste puhul on ümbriseks tuumamembraan. Ümbris sisaldab lipiide ja valke. Valgud on viirusspetsiifilised: 1. Maatriksvalgud, tavaliselt glükosüleerimata 2. Glükoproteiinid a) eksternaalsed - "spikes" (gripiviirus - hemaglutiniin) b) transportkanalivalgud.
annaabi.ee 
