pressinud paavst Hadrianus IV-lt. Paavst tegi seepeale Friedrich II novembris 1198 Sitsiilia kuningaks. Samuti sundis ta noore kuninga 1209 abielluma Ungari kuninga Imre lesega. Pärast Heinrich VI surma olid gibelliinid ja gvelfid valinud erinevad kuningad: Svaabi Philippi ja Otto Welfi. Aastal 1201 teatas paavst avalikult, et Otto on Rooma kuningana heaks kiidetud, ning ähvardas ekskommunikatsiooniga kõiki, kes keelduvad seda tunnustamast. Innocentius III tegi mais 1202 dekreediga Venerabilem Saksa vürstidele selgeks, milliseks ta pidas keisri ja paavsti vahekorda. See dekreet lülitati hiljem koodeksisse Corpus Juris Canonici. Selle dekreedi põhipunktid olid järgmised: · Õigus otsustada, kas kuningas on keisrikrooni vääriline, kuulub paavstile. · Topeltvalimise puhul tuleb paluda paavstil olls vahekohtunikuks ning otsustada ühe pretendendi kasuks. Innocentius mõtles ümber ning otsustas 1207 Philippi kasuks. Ta saatis kardinalid Saksamaale,
kapiitli kanoonik, Gregorius VIII ordineeris ta 1187 alamdiakoniks ja Clemens III määras detsembris 1189 või jaanuaris 1190 Santi Sergio e Bacco kardinaldiakoniks. Coelestinus III ajal (11911198) elas ta tagasitõmbunult Anagnis, kuna valitseva paavsti suguvõsa oli Segni krahvidega vaenujalal. Ta kirjutas sel ajal traktaadid "De contemptu mundi, sive De miseria conditionis humanæ"; "De sacro altaris mysterio" ja "De quadripartita specia nuptiarum". Ta sätestas mais 1202 dekreediga "Per venerabilem", et paavstil on õigus sekkuda Saksamaa poliitilistesse konfliktidesse ja toetada valitsejana isikut, keda ta peab katoliku kiriku kaitsmiseks väärikamaks, vältimaks et vürstid ei valiks kuningaks ketserit või ekskommunitseeritud isikut. Samuti määras ta, et juhul kui kuningaks saab kaks isikut, peavad nad saavutama kokkuleppe ja kui nad seda ei leia, siis saab paavstist konflikti vahendaja. Innocentius III toetus oma poliitilistes nõudmistes Constantinuse kingitusele. Tema ajal said