määras ära ka huvisfäärid euroopas. Antud lepinguga läks Eesti koos Läti, Soome, Leedu ja Ida- Poolaga NSVL-i huvisfääri. 28. septembril alustas NSVL Eesti iseseisvuse hävitamist, sõlmides Eesti-Vene vastastikuse abistamise lepingu, mis sisaldas NSVLi sõjaväebaaside rajamist Saaremaale, Läänemaale ja Harjumaale koos 25 000 mehega. 1939. aasta oktoobris marssis Eestisse 25 000 NSVLi meest ning algas ulatuslik sakslaste lahkumine Eestist, tegevust tuntakse ka kui Umsiedlungi. 16. juunil 1940. aastal esitas NSVL Eestile ultimaatumi täiendava 80 000 mehe sissetulekuks ja valitsuse vahetamiseks. Ultimaatum võeti vastu ja 17. juunil sisenesid uued 80 000 meest ning algas ka Nõukogude okupatsioon. 21. juunil korraldas NSVL meeleavalduse, mis viis 1940. aasta juuli valimistele. Valitsuse juhiks tõusis J. Vares-Barbarus ja 21. juunil sai Eesti Vabariik uueks nimeks ENSV. 6. augustil liideti ENSV ametlikult Nõukogude Liiduga. 22. juunil 1941
Algas Talvesõda. Eesti kuulutas end neutraalseks ka selles sõjas. NSV Liit kasutas Eesti lennuvälju Soome pommitamiseks, rikkudes Eesti neutraliteeti. Neutraliteedist tulenevalt takistas Eesti vabatahtlike minekut Talvesõtta, kuid sellest hoolimata jõudis Soome kümneid Eesti vabatahtlikke. Molotovi-Ribbentropi pakti tagajärjeks olid ka demograafilised protsessid – saksa vähemus asustati Ida-Euroopa riikidest Saksamaale ja nad arvati Saksa kodakondsusesse. 1939–1940 asustati Umsiedlungi käigus Eestist Saksamaale üle 14 000 inimese. 1941. aasta kevadel viidi Nõukogude Liidu ja Saksamaa kokkuleppel nn järelümberasumise käigus Eestist Saksamaale veel ca 7000 inimest. Eesti okupeerimine ja võimu ülevõtmine 1940. aastal 1940. aasta aprillis tungis Saksamaa Taani ja Norrasse ning mais alustas sõjaretke Beneluxi maade ja Prantsusmaa vastu. Juuni keskel, kui Wehrmacht oli tungimas Pariisi ning maailma