transkriptsioon ning sellest tulenevalt väheneb ka ribosoomide hulk antud tingimustel optimaalse tasemeni. Samuti on inhibeeritud DNA replikatsiooni initsiatsioon ning rakukesta komponentide ja fosfolipiidide biosüntees. Samas on aktiveeritud aminohapete biosüntees ning tõusnud translatsiooni täpsus. ppGpp süntees ppGpp-d sünteesitakse siis, kui rakus on aminohapete nälg, selle tulemusena seondub transleeriva ribosoomi aktseptorsaiti laadimata tRNA molekul. Translatsioon peatub ning aktiveerub ribosoomi 50S subühikuga seondunud RelA. RelA on (p)ppGpp süntetaas I. ppGpp mõjutab otseselt geeniekspressiooni, seda nii transkriptsiooni kui ka translatsiooni tasemel. Kaudselt on ppGpp olemasolust mõjutatud DNA sünteesi, rekombinatsiooni ja reparatsiooniga seotud protsessid. ppGpp mõju transkriptsioonile Stabiilse RNA (rRNA ja tRNA) geenide transkriptsioon on ppGpp poolt inhibeeritud. Aminohapete
replikatsiooni initsiatsioon ning rakukesta komponentide ja fosfolipiidide biosüntees. Samas on aktiveeritud aminohapete biosüntees ning tõusnud translatsiooni täpsus. SR-i vallandumiseks sünteesitakse alarmooni ppGpp ning eespool kirjeldatud muutused rakkude füsioloogilises seisundis leiavad suures osas aset just vastusena selle molekuli olemasolule rakkudes. ppGpp süntees ppGpp-d sünteesitakse siis, kui rakus on aminohapete nälg ja selle tulemusena seondub transleeriva ribosoomi aktseptorsaiti laadimata tRNA molekul. Siis translatsioon peatub ning aktiveerub ribosoomi 50S subühikuga seondunud RelA. RelA on (p)ppGpp süntetaas I, mis katalüüsib ATP-lt pürofosforüülrühma ülekande GTP 3' hüdroksüülrühmale. ppGpp snteesi puhul on kirjeldatud ka RelA-sõltumatu rada, milles osaleb (p)ppGpp süntetaas II nimetusega SpoT. SpoT aktiveerub vastusena pikemaajalisele C-näljale ja ei sõltu ribosoomide seisundist