Ühtlasi ka maahärradeks olid piiskopid Saare-Lääne piiskopkonnas, Riia peapiiskopkonnas, Tartu piiskopkonnas ja Kuramaa piiskopkonnas. Ainult Tallinna piiskopil ilmalikku võimu polnud, sest esialgu oli seal ilmalik võim Taani kuningal ja hiljem ordul. 3. Kõik piiskopkonnad jagunesid kirikukihelkondadeks, eesotsas preestriga, mis allusid piiskopile. Tähtsaim ehitis oli toomkirik, mida juhtis piiskop. See koosnes toomkapiitlist (nõuandev organ, mis tegutses 8 piiskopi juures). Seda juhtisid 12 toomhärrat. Osadel toomhärradel olid veel omakorda ametid, et nad saaksid vastutada ühe või teise probleemi eest. (Tea toomhärradest SKOLASTIKUID.) Keskaja lõpuks oli Eesti maapirkondades kirikukihelkondi 97. Esialgu moodustati need muinasaegsete
Baudouin saabub taas Liivimaale 1233. aastal. Mõõgavendade ordu oli haaranud osa Kuramaast ja keeldus tagastamast. Legaat üritas võtta üle Tallinna mõõgevendade kontrolli alt, kuid ta sõjamehed said lüüa ning Baudouin lahkus ning pani orduvennad kirikuvande alla. Liivimaa jagunes kahte leeri: 1) Baudouini vastasteks olid Mõõgavendade ordu, Riia piiskop Nikolaus ja Riia linn, 2) Legaadi toetajaks oli piiskop Alberti suguvõsa (Tartu piiskopkond), osa Riia toomkapiitlist, tsistertslased, mõned vasallid, Lodede suguvõsa, mõned eestlased ja kuralased. Allikad ei valgusta Baudouinile kui legaadile antud ülesandeid ja tema poliitilisi kavatsusi. Jätkuvaks vastuoluks oli Riia kiriku ja Taani kuninga vahel, sest kuningas ei olnud kunagi lahti öelnud oma võimutaotlusest Eestis. Baudouini vastasleer 1234. aastal tagandasid legaadi ametist ja asendasit ta Modena Guglielmoga. Taani oli pidevalt paavsti juures, et saada tagasi oma Eesti alad. 1236