Nende ainete hulka väljendavad vee biokeemiline hapnikutarve (BHT) ja dikromaatne oksüdeeritavus. Enamasti on BHT madalam talvel ja kõrgem suvel. Järve lõunaosas on BHT suur aga kevadel, sest Väike Emajõgi kannab sisse rohkesti orgaanilist ainet. Toiteelemendid: Toiteelemendid ehk taimetoitained (P, N, Si) sisalduvad järve vees seotuna mitmesugustes lahustunud, kolloidsetes või tahketes mineraalsetes või orgaanilistes ühendites. Veetaimed ja bakterid omastavad kõige paremini toiteelemetide mineraalseid vorme vees lahustunud fosfaatiooni, ammooniumiooni, nitraatiooni ja ränihappeid. Taimetoitainete varu järves täieneb peamiselt sissevoolu kaudu, vee ja setete vahelise ainete vahetuse kaudu ning taimede ja loomade elutegevuse ja nende jäänuste lagunemisel vabaneva aine kaudu. Võrtsjärve vees sisalduvate toiteelementide kontsentratsioonide põhjal võib järve kesk- ja põhjaosa pidada rohketoiteliseks ehk eutroofseks ning lõunaosa kaldub pigem ülirohketoitelisuse ehk
taim mineraalained orgaanilisteks ühenditeks. Orgaaniliste ainete süntees algab juba taime juurtes (20 aminohappest sünteesitakse juurtes 16). Taimed omastavad toitaineid nii mullalahusest, kui ka tahke faasi poolt neelatud elemente (peamiselt ühevalentseid katioone). Taimedel eristatakse juurtoitumist ja juurevälist toitumist. Toitainete omastamisel eristatakse pasiivset (transpiratsioon ja diffusioon) ning aktiivset (asendusadsorbtsioon) toitainete omastamist. Toiteelemetide roll taimede elutegevuses Lämmastik Taimedes 0,5…4%. Tähtsaim element kogu orgaanilise maailma elutegevuses. Asendamatu valkude, aminohapete, nukleiinhapete, klorofülli jt. koostises. Puudusel pidurdub taime kasv. Üleküllusel pikeneb kasvuperiood, saak ei valmi õigeaegselt, teraviljad lamanduvad. Fosfor Taimedes 0,1…0,3%. Asendamatu nukleoproteiidide, nukleiinhapete, fermentide, vitamiinide jne. koostises. Puudusel kasv pidurdub, kasvuperiood pikeneb, saak ei valmi. Üleküllusel