Karula rahvuspargi pindalast moodustavad sood 6%. Suuremad sood on Äestamise, Arukülä ja Pautsjärve soo. Madalsoodest väärivad esiletõstmist Ähijärve läänekalda, Väike-Apja, Palo taguse ja Kaugjärve edelakalda sood. Õõtsiksood asuvad Õdrejärve, Kaatsi järve, Küüdre järve, Viitkajärve jt. järvede kallastel. Haruldane on Ähijärve loodekaldal asuv allikasoo. Suuremad rabad on Äestamise soo, Sikksaare soo, Saarjärve raba, Küünimõtsa soo, Tiganiku soo jt. Karula maastike kõige eripärasemad ning ainulaadsemad on kuplistikes paiknevad järvetekkelised väikesood. Märgalade säilimist ohustavad veetaseme muutused, suunamata külastatavus, sobimatu raie ja traditsiooniliselt hooldatud märgalade võsastumine. Kaitsetegevus peab tagama sobiva veetaseme säilimise kontrollides maaparandustöid ja reguleerides kopra arvukust. Niidud
Vaid tasandikel on domineerinud maismaaline soostumine. Kohati on suurepinnaliste kuplite järskudel nõlvadel ka allikasoid. Madalsoodest väärivad esiletõstmist Ähijärve läänekalda, Väike-Apja, Palo taguse ja Kaugjärve edelakalda sood. Õõtsiksood asuvad Õdrejärve, Kaatsi järve, Küüdre järve, Viitkajärve jt. järvede kallastel. Haruldane on Ähijärve loodekaldal asuv allikasoo. Suuremad rabad on Äestamise soo, Sikksaare soo, Saarjärve raba, Küünimõtsa soo, Tiganiku soo jt. Karula maastike kõige eripärasemad ning ainulaadsemad on kuplistikes paiknevad järvetekkelised väikesood Märgalade säilimist ohustavad veetaseme muutused, suunamata külastatavus, sobimatu raie ja traditsiooniliselt hooldatud märgalade võsastumine. Kaitsetegevus peab tagama sobiva veetaseme säilimise kontrollides maaparandustöid ja reguleerides kopra arvukust. Veestik Karula kõrgustik on Kagu-Eesti tähtsamaks veelahkmeks. Põhja ja loodeosa veed jõuavad Soome