Karotamm tegi ettepaneku Kruus nimetada Rahvakomissariaadi välisministri asetäitjaks. Kreml aga seda ei teotanud. Kui punaarmee Eesti uuesti okupeeris, siis tulid tagalamehed tagasi. Kruusist sai oktoobris 1944 Eesti välisminister. 1945. a alguseks oli selge, et sisulist välissuhtlust liiduvabariikidele ei tule. „Välisministri“ amet ei omanud tegelikult tähtsust. Kruusi tegevus oli edaspidi seotud Eesti teaduse ümberkorraldamisele, et viia sisse nõukogulik teaduskorraldus, mille olulisimaks jooneks oli tuginemine Teadusteakadeemiale (selle all tegutsevad uurimisinstituudid). Teadustegevus oli koondunud Teadusteakadeemia süsteemi. Ülikoolidel teisejärguline roll ses süsteemis, esmaseks ülesandeks oli neil valmistada ette teadusinstituutidele sobilikku teadlaskaadrit. Seevastu Läänes olid teadus ja õpetamine ülikoolides võrdväärselt esindatud. ENSVs võetakse kurss Teadusteakadeemia (TA) loomisele. Eestis oli selle esimene president Hans Kruus.
See tekitas mentaliteedi, et heade hinnete panemine on õpetajate asi. Loodi kabineti süsteem, et õpilased pidid iga aine jaoks eraldi minema klassiruumi. Õpetajad ei pidanud enam oma asju kaasaskandma, kuid õpilased kaotasid oma koduklassi ja oma pingi. 1964. aastal muudeti NSVL keskkoolid 10-klassilisteks, Balti riikides jäädi 11- klassilise üldhariduskooli juurde. 1960.-1970. aastatel suleti paljud väiksed maakoolid, sest valitsus arvas, et suurem kool on parem. Nõukogulik teaduskorraldus: Teadus valdkonda jätkasid arendama Tartu Riiklik Ülikool ja Tallinna Polütehniline Instituut. Suleti mitmed muusika ja kunstikoolid. Suleti Tartu kirjastused. 1951. aastal Tartusse rajati Eesti Põllumajanduse Akadeemia. Seal sai õppida põllumajandust, metsandust, veterinaariateadust. Tallinnas 1952. aastal asutati Tallinna Pedagoogiline Instituut. Tartus suleti teaduste akadeemia, sest akadeemia ei vastanud uutele nõuetele. Uus teaduste akadeemia rajati Tallinnasse.