on antud põhjendatult eeldatavseisund, teiste puhul aga ainult küsimärk. Enamuse teiste parsimooniameetodite puhul ehitab programm alguses juu- reta puu ("kerakujulise" kladogrammi, nn. Wagneri võrgu - Wagner network), ja alles lõpuks juuritakse see meie poolt näidatud välisrühma ja siserühma vahelt. Kui me kuidagi ei oska välisrühma analüüsi jaoks eristada, võib puu lõpuks juurida keskpunktist; sellest mistahes taksonini (harutipuni) on sama palju muutussamme. 8.10. Juurega puu puhul võime PAUPi kasutades anda käsud, mis võrdselt lühimate puude saamisel paneb kladogrammide genereerimisel programmi eelis- tama tunnuste paralleelset teket reversioonile (DELTRAN), või tagasipöördu- mist (reversiooni) paralleeltekkele (ALLTRAN). 8.11. Arvutiprogrammile võib "ette kirjutada" ka mitmesuguseid piiran- guid ja "sundkäike". Võime nõuda, et teatud liigid või liigirühmad peavad
Bifurkatsiooniliste juurega puude arv (NR) on n OTU jaoks väljendatav lihtsa valemiga: (2n - 3)! NR = ----------------- 2n-2 (n - 2) ! Juureta puude arv (alates n = 3 ja edasi) on võrdne juurega puude arv ühe võrra väiksema n väärtuse juures. Et illustreerida raskusi, mis tekivad fülogeneetiliste stsenaariumide lahendamisel, on tabelis toodud puude arvu kasv sõltuvalt OTUde arvust kuni 10 taksonini. OTUde arv juurega puid juureta puid 2 1 1 3 3 1 4 15
annaabi.ee 
