Liivaseid, kruusaseid ja saviseid kaldalõike leidub ulatuslikult Peipsi läänekaldal. Seal leidub rohkesti ka rändrahne ja kivist kallast. Põhjakalda kaks osa - Järvevälja ja Smolnitsa luidestikud on võetud riikliku kaitse alla. Peipsi järv kogub oma vee ulatuslikult alalt. Järve suubub umbes 30 jõge, neist suuremad on Velikaja ja suur Emajõgi. Väljavool toimub Narva jõe kaudu. Peipsis ei ole eriti taimestikku. Üksnes varjatud lahesoppides ja saarte varjus leidub suuremaid taimekogumikke. Kõige taimestikurikkamad on lõuna pool olevad osad. Siiski on Peipsi taimestik erakordselt liigirikas selles esineb 66 liiki. Järve kaldavöötmes leidub kõige rohkem pilliroogu, kõõluslehte, harilikku konnarohtu, luigelille, konnaosja jne. Peipsi on üks paremaid kalajärvi terves Euroopas. Peipsis esineb 36 kalaliiki. Põhilised kalad on peipsi tint, rääbis, ahven, haug, latikas, kiisk, särg, luts, peipsi siig. Vähem leidub koha, linaskit, vimba, angerjat, kokre jt.
Talvel on järv külmunud keskmiselt 114 päeva jooksul. Jääkate püsib harilikult detsembrist aprilli lõpuni, jää paksus harilikult 5060cm. Kõrge veeseis kestab aprillist juunini ja novembrist detsembrini , madal jaanuarist märtsini ja augustist oktoobrini. Vee temperatuur on suvel pinnakihis ranniku lähedal kuni 26°C, avajärvel kuni 22°C Tugev tuul tekitab järske ja lühikesi laineid (tavaliselt alla 1,5 meetri) Suuri taimekogumikke leidub saarte varjus, eelkõige järve lõunapoolses osas. Taimestik on väga liigirikas. Suurtaimi on täheldatud 115 liiki. Järve kaldavöötmes leidub kõige rohkem pilliroogu, kõõluslehte, harilikku konnarohtu, luigelille ja konnaosja Esinevad haruldased taimed nagu väike konnarohi, väike penikeel, vesinaaskelleht, mõru vesipipar, punakas penikeel. Vetikaid üle 900 liigi. Zooplanktoneid on vähemalt 160 liiki.
Oma suurusega mõjutab järv mõistagi kohalikku kliimat. Sügisel püsivad ilmad keskmisest kauem soojad, kevad seevastu saabub kuni kaks nädalat hiljem. Järve elukoosluse kujunemist mõjutab oluliselt taime toitainete sisaldus järves. Enamikus Eesti järvedes on toitaineid palju, see tähendab need on rohketoitelised. Peipsis, kui avaras ja tugeva lainetusega hiigeljärves ei ole eriti rohket taimestikku. Üksnes varajatud lahesoppides ja saarte varjus leidub suuremaid taimekogumikke, aga samas on taimestik mitmekesine. Järve mitmekesine taimestik on kohastunud kasvama järve eri osades. Üldse on meie järvedest leitud umbes 120 taimeliiki ja neist 66 leidub juba Peipsi järves. Siiski on Peipsi järve taimestik erakordselt liigirikas. Sellele arvule võib veel lisada ligi 20 liiki üleujutatavatel aladel kasvavaid kalda- ja sootaimi. Järve taimestikku uurides võib seal enamasti eristada vööndeid. Järve kaldaribal kasvavad kaldataimed, mis taluvad ajutist üleujutust
annaabi.ee 
