eellasel, kui erinev siis on nende ühisel eellasel nende hulkade ühisosa. Farrise optimeerimine – iga sõlm saab tunnuse seisundi, mis on antud sõlme ja selle eellase ühisosa. 36. Millised on säästumeetodi eksimused? Mis on vigade põhjuseks? Pika haru probleem – homoplaasiad eksitavad säästumeetodit. Võib esineda juhul, kui evolutsiooni kiirus varieerub liiniti. Kui vale puu on säästlikum kui tegelik puu, siis säästumeetod eelistab valet puud, kuna seal on vähem asendusi. 37. Selgitage tõepära meetodite põhimõtet. Alustuseks arvutatakse tõepära ühele nukleotiidipositsioonile. Arvutatakse tõenäosus näha tippudes teatud nukleotiide. Mõni neist võimalustest võib olla vähem täenäoline kui teised, kuid mitte ühegi variandi tõenäosus ei võrdu nulliga. Tõenäosused liidetakse kokku ja saadakse tõepära. Eeldades, et nukleotiidipositsioonid
vanem. Juuritud puu võimaldab määratleda eellase-järglase suhte sõlmede vahel. 5. Defineeri mõisted: homoloogsed, ortoloogsed ja paraloogsed geenid. homoloogsed geenid geenid, mis on evolutsioneerunud ühisest eellasgeenist ja mille nukleotiidiline järjestus on suures osas sarnane ortoloogsed geenid homoloogsed geenid, mis esinevad erinevatel liikidel paraloogsed geenid homoloogsed geenid, mis esinevad sama liigi eri isenditel 6. Selgita, mille poolest erinevad omavahel säästumeetod ja distantsmeetod fülogeneesi rekonstrueerimisel? Säästumeetod otsib puud, millel on kõige vähem mutatsioone ehk antud juhul kõige lühemat puud. Mutatsioonide arv puul nimetatakse puu pikkuseks. Rekonstrueeritakse ka eellasseisundid. Distantsmeetod lähtub eeldusest, et need kelle viimane ühine eellane elas hiljem, on sarnasemad kui need kelle oma elas varem. Otsib puud, mille korral kokkulangevus vaadeldavate distantside ja puu distantside vahel oleks suurim. 7
annaabi.ee 
