Ülikooli kõrgeim juht oli kantsler ja tema abiliseks prokantsler. Kollegiaalse organi ülesandeid täitis professorite üldkogu ehk senat. Kolmas mees ülikooli ametiredelil oli rektor, kes tegeles jooksvate asjadega. Ülikooli astumiseks ei nõutud kindla koolitüübi lõpetamist. Tähtsamaks õppetöö vormiks oli loeng, selle kõrval vaidlused e. dispuudid. Teadmisi kontrolliti kuu- ja semestrieksamitel. Vene-Rootsi sõjas Tartu linn kapituleerus ja suurkool kolis 1656. aastal Tallinna. Uuesti avati ülikooli uksed Tartus 1690. aastal. Kuna õppimine käis kõikjal ladina keeles, siis polnud üliõpilastel ja teadlastel keelepiiri. Tartu kui ülikoolilinna osatähtsus langes. Paremaid tingimusi otsiti Pärnust, kuhu ülikool kolis 1699. aastal. Põhjasõda lõpetas ülikooli tegevuse 1710. aastal. Talurahva lugemaõpetamisega hakkas riigikirik tegelema 17. sajandi teisel kolmandikul. Tugevdati kontrolli talurahva kristliku õpetuse üle
Ülikooli kõrgeim juht oli kantsler ja tema abiliseks prokantsler. Kollegiaalse organi ülesandeid täitis professorite üldkogu ehk senat. Kolmas mees ülikooli ametiredelil oli rektor, kes tegeles jooksvate asjadega. Ülikooli astumiseks ei nõutud kindla koolitüübi lõpetamist. Tähtsamaks õppetöö vormiks oli loeng, selle kõrval vaidlused e. dispuudid. Teadmisi kontrolliti kuu- ja semestrieksamitel. Vene-Rootsi sõjas Tartu linn kapituleerus ja suurkool kolis 1656. aastal Tallinna. Uuesti avati ülikooli uksed tartus 1690. aastal. Kuna õppimine käis kõikjal ladina keeles, siis polnud üliõpilastel ja teadlastel keelepiiri. Tartu kui ülikoolilinna osatähtsus langes. Paremaid tingimusi otsiti Pärnust, kuhu ülikool kolis 1699. aastal. Põhjasõda lõpetas ülikooli tegevuse 1710. aastal. Talurahva lugemaõpetamisega hakkas riigikirik tegelema 17. sajandi teisel kolmandikul. Tugevdati kontrolli talurahva kristliku õpetuse üle