,,over night" ehk ON kultuur). Meie rühmas oli kolooniate arv väike, st transformatsiooni efektiivsus oli madal. Rakud olid säilitusel kaotanud kompetentsuse. Lahus I (50 mM glükoos, 25 mM Tris-HCl, pH 8,0; 10 mM EDTA- Na2) Lahus II (0,1 N NaOH*, 1% SDS; * erineb sellest, mis on toodud DNA kokaraamatus; 0,1 N lahuse kasutamine 0,2 N asemel tõstab oluliselt DNA saagist ning võimaldab eraldada maksimaalse koguse superspiraalset plasmiidi vormi K. Mätlik ja M. Speek, avaldamata andmed) Lahus III (5 M KOAc), säilit 4 oC juures) propanool TE (10 mM Tris-HCl, pH 7,5; 1 mM EDTA-Na2) Ribonukleaas A TE-s (5 g/ml,; Sigma) Fenool, tasakaalustatud TE-ga (NB! Fenooli pipeteerida ainult kummikinnastes ja tõmbe all!). 70% ja 95% Etanool. 1 M Na-atsetaat (NaOAc), pH 5,5 (lisatakse DNA sadestamiseks) Agaroos (FMC) 1 x TBE foreesi puhver (TBE, 50 mM Tris-boraat, pH 8,3; EDTA-Na2)
Töö nr 3: Rekombinantse plasmiidse DNA minipreparatsioon. Lähteained: Bakterikoloonia Nr.6 (sisaldab rekombinantset plasmiidi) kasvatatud Amp-LB vedel-söötmel 12-20 h (nn. ,,over night" ehk ON kultuur). Lahus I (50 mM glükoos, 25 mM Tris-HCl, pH 8,0; 10 mM EDTA- Na2) Lahus II (0,1 N NaOH*, 1% SDS; * erineb sellest, mis on toodud DNA kokaraamatus; 0,1 N lahuse kasutamine 0,2 N asemel tõstab oluliselt DNA saagist ning võimaldab eraldada maksimaalse koguse superspiraalset plasmiidi vormi K. Mätlik ja M. Speek, avaldamata andmed) Lahus III (5 M KOAc), säilit 4 oC juures) propanool TE (10 mM Tris-HCl, pH 7,5; 1 mM EDTA-Na2) Ribonukleaas A TE-s (5 g/ml,; Sigma) Fenool, tasakaalustatud TE-ga (NB! Fenooli pipeteerida ainult kummikinnastes ja tõmbe all!). 70% ja 95% Etanool. 1 M Na-atsetaat (NaOAc), pH 5,5 (lisatakse DNA sadestamiseks) Agaroos (FMC) 1 x TBE foreesi puhver (TBE, 50 mM Tris-boraat, pH 8,3; EDTA-Na2)
2. DNA tertsiaarstruktuurid. Superspiraalid. Ensüümid võivad tekitada või kõrvaldada superspiraale. Negatiivne superspiralisatsioon võib tekitada ristikujulisi struktuure. Tüübid: (a) DNA kaksikheeliks on keerdunud spiraaliks ümber imaginaarse toroidi. (b) DNA on keerdunud ümber iseenda. (c) superspiraalid pikas ja lineaarses DNA ahelas (kromosomaalse DNA mudel). Kerimine ümber valgupooli (nukleosoomi) stabiliseerib DNA superspiraalset struktuuri. Kromosoomi struktuur. DNA kaksikheeliks keerdub 2x ümber histooni oktameeri moodustades nukleosoomid. Nukleosoomid on keerdunud solenoidideks (6 nukleosoomi pöördes), moodustades nii filamente. Filamendid omakorda 6 moodustavad silmuseid, mis kinnituvad tuumamaatriksile. 18 silmust keerduvad rosettideks. Ligikaudud 10 rosetti eksisteerib inimese 4
annaabi.ee 
