Võetava proovi tüüp sõltub sellest, millist tüüpi mikroorganisme otsitakse, ja bakterite paiknemise iseärasustest rümba välispinnal. Tuleb arvestada asjaoluga, et uuritavad mikroorganismid võivad olla tugevalt kinnitunud toote pinnale, mis loob vajaduse proovimaterjali eriliseks eeltöötlemiseks. Rümbaliha proovide võtmisel tuleb koetükikesi lõigata rümba erinevatest piirkondadest ning proovi eeltöötle- misel kasutada nt stomacher-tehnikat, et vabastada pinnale kinnitunud mikroobid. Proove võib analüüsida eraldi või liitproovina. Siseelundite uurimisel võetakse tavaliselt proovid nii kudede pinnalt kui seest. Kuigi selline meetod on rümpade uurimiseks ideaalne, pole nende välispinnale lõigete tegemine alati töötleja poolt aktsepteeritav ning selle asemel kasutatakse puuteproovi ehk tampooniproovi tehnikaid. Tavaliselt kasutatakse selleks puuvil-
samples amenable for amplification by adap- an overestimation of yield. For this purpose tation of extraction procedures to each food a straightforward treatment with RNAase A matrix. The first stage is homogenization to is recommended. Then, it is simple to cor- reduce the sample particles to an appropriate relate the amount of DNA (ng) with copy size by grinding in homogenizers, such as number by using the C-value (Arumuganathan blenders, stomacher, polytron, ultra-turrax, and Earle 1991; Bennett and Leitch 2003). mills, and mortars, which reduce consider- Purity of DNA can be evaluated by assessing ably the sampling error (Begg et al. 2007). the degree of degradation using agarose 504 Chapter 29 electrophoresis, by means of the ratio of on nested PCR are available in the bibliogra- UV spectrophotometry at 260/280 nm (desir- phy (see Table 29.1). ably close to 1.8) and 260/230 (above 1.8– 2
annaabi.ee 
