(oligo- v6i geenifragmendid "ESTd", n.n. cDNA kiibid) Affymetrix Gene Chip TM: -Valmistatakse tuhandete lühikeste oligonukletiidide in situ sünteesi teel klaasmaatriksil -Kiibil vastab 16-20 nukleotiidine ahel ühele kindlale geenile -Igale oligole kiibil vastab veel teine, mis erineb vaid ühe nukleotiidasenduse poolest -Võrreldakse proovi intensiivsust kahe partneroligo vahel -Mõõdetakse geeniekspressiooni absoluutset taset 2. Otsene DNA deposeerimine (spottimine): Spotitud cDNA mikrokiibid: Plussid -Madalam hind ja suurem paindlikus -Kahe erineva bioloogilise proovi paralleelne võrdlus (n. vähirakud ja normaalne kude, mõjutatud rakud ja normaalsed rakud) -EST-de kasutamine võimaldab uute geenide avastamist Miinused -Vajalik on järjestuste kontroll 22 -Mõõdetakse suhtelist ekspressioonitaset kahe proovi vahel Mikrokiip eksperimendi kuus põhietappi:
Loetakse fluorestsentsanduritega. Affymetrix Gene ChipTM: Klaasil kovalentse linkeri abil fotoaktiivsed järjestused, mask ees. Vahel avatakse teatud positsioonid maskis ja lisatakse mingi nukleotiid, mis ühineb -> protekteeritakse -> mask ette tagasi -> avatakse järgmised positsioonid. Nii sünnibki jupphaaval oligonukleotiid. Oligokiibid: Uuritakse absoluutset geeniekspressiooni taset kui palju saab sekveneerida (?) SNPde genotüpiseerimine Spotitud cDNA mikrokiibid: DNA kloonid klaasile, kuhu hübridiseeritakse RNA, millest tehtud cDNA, mis värvitakse ja hübridiseeritakse microarrayga. Kahe laseriga (punane, roheline) mõõdetakse tulemit. Arvuti arvutab välja ekspressioonitasemete pildi: midagi on tõusnud, midagi langenud, midagi samaks jäänud. Näiteks anname rakukle kuumasoki ja siis analüüsime 2000 geeni reaktsiooni. plussid: odavamad, paidlikumad, võrreldakse paralleelseid proove; miinused:
annaabi.ee 
