Eesti NSV juhttroikasse kuulusidiikliku julgeoleku rahvakomissar Boris Kumm, siseasjade rahvakomissar Andrei Murro ja EK(b)P KK I sekretär Karl Säre. Kogu Eesti ulatuses juhtisid küüditamist NKVD Operatiiv staap, mille juht oli Eesti NSV Riikliku Julgeoleku Rahvakomissariaadi rahvakomissar Boris Kumm ja liikmeteks Eesti NSV Riikliku Siseasjade Rahvakomissariaadi rahvakomissar Andrei Murro, Eesti NSV Riikliku Julgeoleku rahvakomissar asetäitja Aleksei Skurin, Eesti NSV siseasjade rahvakomissari asetäitja Venjamin Gulst ja Eesti NSV Riikliku Julgeoleku Rahvakomissariaadi 2. osakonna ülem Rudolf James. Vastavalt kavale oli plaanis saata Eestist väljasaadetud järgmistesse piirkondadesse ja töölaagritesse: Starobelski laagrisse, vastavalt siis 4665 inimest, Usollaagrisse 691 inimest ja väljasaadetavaid pereliikmeid Altai kraisse oli 9115 inimest. Küüditamise ehk "sundevakueerimise" läbiviimisele asuti 13. ja 14
Vangistatute koguarv on tõenäoliselt suurem, kuid uurijatel puuduvad kokkuvõtlikud andmed ja kõigi arreteeritud isikute toimikud ei ole Eestis või pole üldse säilinud. Vangistamisotsuse langetasid enamikel juhtudel Riikliku Julgeoleku Peavalitsuse või NKGB kohalikud töötajad oma ülema nõusolekul. Otsused kinnitas siseasjade rahvakomissar Boris Kumm, kes määrati 1941. aasta veebruaris riikliku julgeoleku rahvakomissariks, või tema asetäitja Aleksei Skurin. Arreteerimised sanktsioneeris ENSV Prokuratuur (ENSV prokurör Kaarel Paas või tema asetäitja eriasjades Sergei Nikiforov ning tema eriosakonna prokurörid) või NKVD Balti ringkonna vägede sõjaväeprokuratuur (sõjaväeprokurör Palkin). Süüdistuskokkuvõtted kinnitasid samad organid. Ka maakondade prokurörid andsid nõusolekuid süüdistuskokkuvõtete kinnitamiseks ja süüdistusmaterjali kohtulikule arutelule saatmiseks. ENSV