1561. aastal algas Rootsi aeg põhja-eestis. Rootsis sai troonile järgmisena Karl IX , kes oli talurahvasõbralik. Eestimaa ja Rootsi riigi vahel puudus usubarjäär. Mõlemad tunnistasid luterlikku usku. Eestimaa rüütelkonna moodustasid aadlikud. Taani hertsog oli Magnus. Sigismund 3. Ja hertsog Karli vahelised pinged viisid 1600 aastal sõjani. Algul oli sõda riigisise asi, hiljem muutus Poola ja Rootis sõjaks. Rootslased tagandasid troonild sigismuni ja valisid karli nime all karl IX oma kuningaks 1604 aastal. Demograafiline katastroof 1601-1603 tabas eestit ikaldus, nälg ja katk. Eesti kaotas ligikaudu 9/10 oma rahvaarvust. 1604 . aastal astusid rootslased vastu Mäo mõisa juures vastu poola ratsaveäle. Nad said siiski lüüa. Poola reas toimusid ebaõnnestumised ja Tallinnat siiski ei rünnatud. Poolal kerkis huvi Venemaa vatsu. Enne seda peeti Riia all suim välilahing 1605. Aastal. Selleks oli Kirchholmi lahing.
Protektsioonilepingud nii ordu kui piiskopiga 1559. 1561.aasta teisel poolel toimuvad läbirääkimised ordu ja peapiisopiga, et ainuke võimalus on allutada end Poola-Leedu riigile. Oktoobrist alates läbirääkimised Vilniuses. Kuningas seadis liivimaalased fakti ette, et otsus tuleb ära teha, lepiti kokku, et liivimaalased allutavad end Poola kuningale ja Leedu suurvürstile, ehk Sigismund II Augustile isiklikult. Riia jäi vabalinnaks, kuni 1582. Privilegi Sigismuni Augusti orduaadli palvekirja võtab aluseks. Indeginaadiõigus. Rootslased seda ei täitnufd. Liivimaal asjaajamine peab olema saksa keeles. Apellatsioonikohus Liivimaal, sest ei tahetud apelleerida väljapoole oma maad. Täielik omandiõigus talupoja üle. Talupoeg pärisori, sunnismaisus. 5.märts 1562 toimub pidulik allutamine. Dateerimine oli küll 28.november Leedu seimis. Dokumentide vormistamine võttis aega. Veelkord anti pidulikult vanne Poola kuningale ja Leedu suurvürstile
annaabi.ee 
