näiteks cAMP, ppGpp või homoseriin laktoon, mis mõjutavad transkriptsiooni kas otseselt või interakteerudes transkriptsioonifaktoritega. Globaalse regulatoorse võrgustiku uurimine eeldab erinevate meetodite kombineeritud rakendamist: 1. Genoomi järjestuse analüüs võimaldab identifitseerida potentsiaalseid promootoreid ja motiive, mis on konserveerunud sama regulaatori poolt kontrollitavate geenide ees. Regulaatori seondumisala suurem kokkulangevus konsensusjärjestusega esineb geenide puhul, mille avaldumisele on uuritaval regulaatoril tugevam efekt ja siis, kui regulaatorvalk seondub ühte kindlasse saiti promootorala ees. Samas valgud, mis seonduvad paljudesse saitidesse, interakteeruvad tavaliselt ka teiste valkudega. Valkude kooperatiivsel seondumisel DNA-ga ei pruugi uuritava valgu seondumissait olla DNA järjestuse põhjal ennustatav. 2
erinevad. Klass I aktivaatorid on näiteks Ada - aktiveerib geenid, mis osalevad oksümetüülguaniini poolt indutseeritud DNA kahjustuste reparatsioonil; IHF - stimuleerib transkriptsiooni faag lambda promootorilt pL; OmpR - osmoregulatsioon; OxyR - oksüdatiivse stressi vastus; CRP lac promootori puhul - interaktsioon soodustab CTD seondumist DNA regiooniga, mis külgneb CRP saidiga. CTD-ga seondub promootori poole jääv CRP monomeer. Klass II aktivaatorid Aktivaatori seondumisala kattub promootori -35 heksameeriga. Klassikaliseks näiteks on CRP interaktsioon RNA polümeraasiga gal promootori puhul, samuti kuulub sellesse klassi PhoB, mis kontrollib bakterirakus fosfaadi nälja puhul indutseeritavaid geene. CRP-l on kaks RNA polümeraasiga interakteeruvat domääni: 1) AR1 - 8 aminohapet Asp-156, Met-157, Thr-158, His-159, Pro-160, Gly-162, Met-163 ja Gln-164 2) AR2 - aktiveeriv domeen, kuhu kuuluvad aminohapped His-19, His-21, Glu-96 ja Lys-101
annaabi.ee 
