Pesitsejatest näiteks,naerukajakad, sinikaelpardid, tuttpütid, kõrkjaroolinnud. Suuremad probleemid on põlevkivi kaevandamine, põllumajanduses kasutatavad väetised ning sellest kõigest tulenev liigtoitelisus ehk eutroofsus. Probleemiks on ka kalade ülepüük. Aastas püütakse Peipsist ligikaudu 10 000 tonni kala. Probleemiks on järves tekkiv hapnikupuudus. Lindude kaitseks on loodud LoodePeipsi linnuala ja Sahmeni loodusala. Luidete ja nende vahele tekkinud sooalade taimekoosluste kaitseks on Järvevälja ja Smolnitsa maastikukaitseala. Et hoida kalade liigirikkust on kalade püügi kogustele peale pandud kvoodid ja kalade kudemisajal ei tohi neid püüda.
2010 Hiiu madala Linnuraba Kõnnumaa Marimetsa-Õmma Pihla-Kaibaldi Paide Sahmeni Kõpu Haapsalu Endla Väinamere Avaste Lihula