Saksa okupatsiooni ajal tegeles aga aktiivselt Eesti Vabariigi heaks: korraldas relvade kogumist, koostas omakaitse nimekirju, organiseeris salaluuret. Siiski oli 1918. aasta lõpuks veel 2/3 Eesti pinnast punaarmee valduses. Seetõttu oli Kuperjanov valmis suureks sammuks 23.12.1918 moodustas ta Puurmani mõisas partisanide pataljoni. Soovijaid Kuperjanovi loodud pataljoni oli väga palju nii vastloodud Kaitseliidust kui ka vabatahtlike seast, seega jaotiti pataljon omakorda neljaks rooduks. Paraku olid lood relvade ja ühtse vormiga üsna kehvad, iga üks pidi leidma omale ise kuskilt relva. Riietuse ühtlustamiseks(lisaks partisanide eraldusmärgile) õmbles Kuperjanovi naine Alice meestele valged mantlid. Pataljoni esimeseks suuremaks operatsiooniks oli Tartu eest võitlemine. Algul plaanis Kupejanov üksi oma pataljoniga Tartut vallutama minna, kuid õnneks ühendati soomusrongidega jõud, mis muutis väe tugevamaks. Kuperjanovi plaan õnnestus laitmatult
Puurmanni mõisa. Ühtlasi koondab Kuperjanov enda ümber kõik kaitseliidu üksused. Peipsi äärest saabuvad alamleitnantite Trossi ja Raudsepa salgad. Otepää alevist tuleb sealne kaitseliidu ülem leitnant R. Tarik oma meestega. Puhjast saabub 20meheline ratsarühm. Ka Rõngust, Elvast ja mujalt tuleb järjest mehi juurde ja peagi on Puurmanni mõisa kogunenud mitmesaja meheline üksus koos 18 ohvitseriga. Kokkutulnud jagatakse neljaks rooduks: 1. roodu ülem saab lipnik R.Riives, 2. roodu ülemks leitnant E. Saar, 3. roodu ülemks alamkapten R. Kuslap ja 4. roodu ülemaks leitnant J. Unt. Tagavararoodu ülemaks ja Puurmanni komandandiks määrab Kuperjanov leitnant J. Soodla. Moodustatakse ka ratsakomando alamkapten K. Tiimanni juhtimisel. Roodudest moodustatakse üksikpataljon. Valusaks küsimuseks on relvade puudus. Meestele ei jätku püsse, rääkimata kuulipildujatest.
Puurmanni mõisa. Ühtlasi koondab Kuperjanov enda ümber kõik kaitseliidu üksused. Peipsi äärest saabuvad alamleitnantite Trossi ja Raudsepa salgad. Otepää alevist tuleb sealne kaitseliidu ülem leitnant R. Tarik oma meestega. Puhjast saabub 20meheline ratsarühm. Ka Rõngust, Elvast ja mujalt tuleb järjest mehi juurde ja peagi on Puurmanni mõisa kogunenud mitmesaja meheline üksus koos 18 ohvitseriga. Kokkutulnud jagatakse neljaks rooduks: 1. roodu ülem saab lipnik R.Riives, 2. roodu ülemks leitnant E. Saar, 3. roodu ülemks alamkapten R. Kuslap ja 4. roodu ülemaks leitnant J. Unt. Tagavararoodu ülemaks ja Puurmanni komandandiks määrab Kuperjanov leitnant J. Soodla. Moodustatakse ka ratsakomando alamkapten K. Tiimanni juhtimisel. Roodudest moodustatakse üksikpataljon. Valusaks küsimuseks on relvade puudus. Meestele ei jätku püsse, rääkimata kuulipildujatest.