Siis sai Saare-Lääne piiskopkonna katoliiklikust toomkirikust luterlik kogudusekirik ja toomkirikut hakati nimetama lossikirikuks. 1625. aastal müüs Rootsi kuningas Gustav II Adolf Haapsalu linna, linnuse ja ümbruskonna maad krahv Jacob De la Gardie'le. De la Gardie'del oli kavas Haapsalu linnus renoveerida. Kuigi suurem osa plaanidest jäi teostamata, suudeti kirik siiski korda seada. Kirikusse ehitati ka orel ja valmistati uus altar. Sellest ajajärgust on pärit ristimiskabelis asuv, 1634. aastal arvatavasti Joachim Winteri poolt valmistatud ristimiskivi. 1688. puhkes linnuses tulekahju, milles hävis muuhulgas kiriku vaskplekist katus. Kirik suudeti taas korda seada ja jumalateenistusi sai edasi pidada. 1726. aasta tormis hävis kiriku katus uuesti. Riik ei olnud huvitatud sõjalise tähtsuse kaotanud ja elamiseks kõlbmatuks muutunud linnuse kiriku katuse taastamisest, väikeseks jäänud kogudus omal jõul ja kulul seda teha ei suutnud
sajandil. 1990. aasta jõululaupäeval toimus kiriku taaspühitsemine.Toomkirik on romaani stiililt gooti stiilile üleminekuaja nähtus. Romaani stiilile viitab seinapiilarite kapiteelidel kujutatud taimornament, gooti stiili märgiks on teravkaarvõlvid. Kirik on aegade jooksul kõvasti kannatanud -- endisaegne interjöör hävinud, mitmel korral katus maha põlenud, mitmel korral on kirik lausa varemetes olnud. Viimane suurem restaureerimine algas 1960ndatel aastatel. Ristimiskabelis asub ristimiskivi (Joachim Winter 1634) ning skulptor Hille Palmi loodud Emaaltar. Ristimiskabeli aknale ilmuvat igal aastal augusti täiskuuöödel saladuslik Valge Daam. Põhjapoolse taastatud käärkambri juurest viib trepp kiriku võlvidele. ( http://kirikud.muinas.ee/?page=2&page=212 ) 5.5 Haapsalu Jaani kirik Haapsalu Jaani kirik(Lisa 6)Eesti vanema kirikuarhitektuuri traditsioone järgiv sakraalhoone. Esmamainimine 1524 Nikolai kirikuna
annaabi.ee 
