täpsus. ppGpp süntees ppGpp-d sünteesitakse siis, kui rakus on aminohapete nälg, selle tulemusena seondub transleeriva ribosoomi aktseptorsaiti laadimata tRNA molekul. Translatsioon peatub ning aktiveerub ribosoomi 50S subühikuga seondunud RelA. RelA on (p)ppGpp süntetaas I. ppGpp mõjutab otseselt geeniekspressiooni, seda nii transkriptsiooni kui ka translatsiooni tasemel. Kaudselt on ppGpp olemasolust mõjutatud DNA sünteesi, rekombinatsiooni ja reparatsiooniga seotud protsessid. ppGpp mõju transkriptsioonile Stabiilse RNA (rRNA ja tRNA) geenide transkriptsioon on ppGpp poolt inhibeeritud. Aminohapete biosünteesi ja C-allikate degradatsioonil osalevate operonide transkriptsioonitase suureneb. ppGpp poolt negatiivselt reguleeritavate promootorite puhul põhjustab see nukleotiid RNA polümeraasi dissotseerumise avatud kompleksist. ppGpp mõju translatsioonile ppGpp translatsiooni pärssiv mõju ilmneb mitmeti. ppGpp interakteerub translatsiooni
SpoT aktiveerub vastusena pikemaajalisele C-näljale ja ei sõltu ribosoomide seisundist. Kui vajadus SR-ile kaob, rakkudes on piisavalt energiat ja aminohappeid valgusünteesiks ning kasvukeskkonnas toitaineid, ppGpp lagundatakse. ppGpp degradatsiooni GDP-ks viib läbi SpoT. ppGpp mõjutab otseselt geeniekspressiooni, seda nii transkriptsiooni kui ka translatsiooni tasemel. Kaudselt on ppGpp olemasolust mõjutatud DNA sünteesi, rekombinatsiooni ja reparatsiooniga seotud protsessid. ppGpp effekti erinevatele bioloogilistele protsessidele on kirjeldatud erinevates bakteriliikides ja isegi taimedes. Näiteks on ppGpp hulga kaudu mõjutatud Myxococcus xanthus'e rakkude morfoloogia ja diferentseerumine, Mycobacterium tuberculosis'e virulentsuse kujunemine ja sekundaarsete metaboliitide (antibiootikumid) süntees. M. tuberculosis'e RelA-defektne mutant ei ela üle pikaajalist nälgimist ja anaeroobseid kasvutingimusi