Ta muutis uurimissuunda ning valmistas ette "Arutlusi meetodist" ja kolme suurt kirjatükki: "Dioptrika", "Meteoorid" ja "Geomeetria". Need tööd määrasid paljudeks aastateks kindlaks keskaja pimedusest välja rabeleva teaduse teed. 1635. aastal sünnitas sõbratar ja teenijatüdruk Hélène talle tütre Francine´i, kes suri 1640. aastal, kuu hiljem lahkus siit ilmast Descartes'i isa. Need aastad polnud kerged ka teadustöös, kus väitlused Fermat ning tema enda kunagise õpilase Regiusega võtsid palju jõudu ja energiat. 1641. aastal ilmusid "Metafüüsilised mõtsiklused", mida Sorbonne heaks ei kiitnud, mida ründasid jesuiidid ja kõige ägedamalt hollandi ülikoolid. Descartes vastas igale traktaadile traktaadiga ning leidis kõigest hoolimata mahti avaldada 1644. aastal üks oma põhiteostest "Filosoofilised printsiibid". Välimusel olevat Descartes olnud väike suure peaga morn mees. Peale selle oli ta iseloomult ebameeldiv, kapriisne ja kade
Kuna samal aastal Galilei seisukohad keelustati, jättis Descartes enda raamatu välja andmata. Ta muutis uurimissuunda ning valmistas ette "Arutlusi meetodist" ja kolme suurt kirjatükki: "Dioptrika", "Meteoorid" ja "Geomeetria". 1635. aastal sünnitas sõbratar ja teenijatüdruk Hélène talle tütre Francine'i, kes suri 1640. aastal, kuu hiljem lahkus siit ilmast Descartes'i isa. Need aastad polnud kerged ka teadustöös, kus väitlused Fermat' ning tema enda kunagise õpilase Regiusega võtsid palju jõudu ja energiat. 1641. aastal ilmusid "Metafüüsilised mõtsiklused", mida Sorbonne heaks ei kiitnud, mida ründasid jesuiidid ja kõige ägedamalt hollandi ülikoolid. Descartes vastas igale traktaadile traktaadiga ning leidis kõigest hoolimata mahti avaldada 1644. aastal üks oma põhiteostest "Filosoofilised printsiibid". 1638 Descartes avaldas raamatu, mis sisaldas kolme esseed matemaatika ja teaduse teemadel ja "Arutlusi Meetodist" ("Discourse on Method")