ketserite vastu. Hispaanias korraldati 16. sajandi teisel poolel enam kui sada avalikku autodafeed – ketserite põletamist, kus korraga heideti tuleriidale kaheksakümmend–üheksakümmend inimest. Inkvisitsioonist sai kuningavõimu tööriist: inkvisiitorid olid juba 16. sajandil reeglina mitte enam teoloogid, vaid juristid. Eelkõige langesid inkvisitsiooni ohvriteks usku vahetanud juudid ja moslemid, hiljem juba ka reformatsioonivooludega kaasa läinud. Üle saja tuhande juudi ja moriski (ristitud maurid) saadeti Felipe II ajal maalt välja. Välispoliitikas toetas Felipe II kõikumatult vastureformatsiooni: 1588. aastal saatis ta Võitmatu Armaada Inglismaad vallutama, Hispaania väed toetasid katoliiklasi hugenottide sõdades Prantsusmaal, inkvisitsiooni abil üritati maha suruda vabadusvõitlust Madalmaade provintsides. Hispaania kohalolekut oli tunda kogu toonases Lääne-Euroopas. Moskva kui „kolmas Rooma“.
Felipe II valitsusaega langes katoliku usu levitamine Ladina-Ameerikas, aga ka massirepressioonid ketserite vastu. Hispaanias korraldati 16. sajandi teisel poolel enam kui 100 avalikku autodafeed ketserite põletamist, kus korraga heideti tuleriidale 8090 inimest. Inkvisitsioonist sai kuningavõimu tööriist: inkvisiitorid olid juba 16. sajandil reeglina mitte enam teoloogid vaid juristid. Eelkõige langesid inkvisitsiooni ohvriteks usku vahetanud juudid ja moslemid, hiljem juba ka reformatsioonivooludega kaasaminejad. Üle 100 tuhande juudi ja moriski (ristitud maurid) saadeti Felipe II ajal maalt välja. Hispaanlastel keelati välismaa ülikoolides õppimine eranditeks olid vaid Bologna ja Rooma. Kuigi enamus hispaanlasi kartis inkvisitsiooni, kardeti veelgi rohkem ketserlust. Kuninga uueks residentsiks sai Madrid. 1563 alustati kloosterpalee El Escorial ehitamist. Kõrgaadli hoidis Felipe II õukonnast eemal, suheldes vaid kõige lähemate usaldusalustega.