Jannsenil ja Jakobsonil tekkis vastuseis ning Jannsen oli sunnitud argliku ja kasuahnena keelduma avaldamast Jakobsoni kaastööd. Kui ilmuma hakkas Jakobsoni ,,Sakala", algas ,,Eesti Postimehe" allakäik. Novembris 1880 tabas Jannsenit raske rabanduslöök (haigestus afaasiasse), milel tagajörjeks oli mälu ja könevöimie kaotus. ,,Eesti Postimees", mida jörgmise aasta jooksul toimetas A.Grenzstein, läks 1881. a löpul V.Justi kötte. Elanud pärast tulemusteta ravikatseid kpmme aastat masendavat varjuelu Tartus oma poja Eugeni perekonnas, suri Jannsen 13. juulil 1890. Ta maeti Tartu Maarja kalmistule, kus talle avaldas viimset austust suur rahvahulk. Jannsen on esinenud köigis kolmes kirjanduse pöhiliigis, köige tulemusrikkamalt ning produktiivsemalt aga proosas. Ainestikult jaguneb Jannseni proosa kaheks suuremaks rümaks . külajuttudeks ja ajaloolisteks juttudeks, mille körval leidub ka väheseid linnaainelisi. ,,Vanemuisele"
vähenemise eest. Selle tehinguga reetis Jannsen oma paljude seniste kaastööliste ja pooldajate ootused, taandus rahva kõige aktuaalsemate huvide kaitsmisest ja jättis üha hoogustuva rahvusliku liikumuse pikkadeks aastateks häälekandjata. Sealtpeale Jannseni poolehoid rahva seas vähenes. Novembris 1880 aastal tabas Jannsenit raske rabanduslöök, mille tagajärieks oli mälu ja kõnevõime kaotus. Elanud pärast tulemusteta ravikatseid kümme aastat masendavat varjuelu Tartus oma poja Eugeni perekonnas, suri Jannsen 13. juulil 1890. Johann Voldemar Jannseni haud Tartus Maarja ja Peetri kalmistul 10 Jannsenite perekonna maja Tartus Tiigi tänaval hävis II Maailmasõjas, kuid säilinud on nende aeda istutatud "Koidula tamm".