ei vaja ATP, GTP jt energiat EC 5. Isomeraasid ja nende süstemaatilised nimetused: Isomeraasid katalüüsivad muutusi ühe molekuli piirides ehk isomerisatsiooni. Isomeraaside reaktsioonides on üks substraat ja üks produkt. Isomeraasid jagunevad: ratsemaasideks, epimeraasideks, mutaasideks ning cis-trans-isomeraasideks. Isomeraaside süstemaatilised nimetused: Aluseks on substraadi nimetus ja reaktsioonitüüp. Näiteks: Laktaadi ratsemaas, see ensüüm katalüseerib reaktsiooni (S)-laktaat (R)-laktaat. EC 6. Ligaasid ehk süntetaasid ja nende süstemaatilised nimetused: Katalüüsivad ühinemisreaktsioone (ligation ing.k kokkuliitmine). Reaktsioonid toimumiseks on tarvis täiendavat energiat, see saadakse ATP või mõne muu ühendi makroergiliste sideme(te) lagundamisest. Ligaasid katalüüsivad C-C, C-O, C-N, C-S ja C- halogeen sidemete moodustumist ilma hüdrolüüsi või oksüdatsioonita.
NH2 NH2 O O C C R R C C HO OH H H L-alaniin D-alaniin Ntx EC 5.1.1.1 Alaniini ratsemaas L-alaniin D-alaniin Energeetilist erinevust ei ole, oodata on 1:1-le vahekorda. Kui kõik D-alaniini paneme potti, ensüümi peale, siis on 1:1 segu D ja L vahel, see on ratseemiline segu ja seetõttu ka ratsemaas. Ratsemaas on siis, kui on üks kiraalne tsenter (C). Kui mitu võimalikku tsentrit, aga muudatus toimub ühe tsentri juures, siis on epimeraas. Teatud bakterites on rakukestas D-alaniin, sest am.hapetest saab L-alaniini. Reeglid isomeraaside nimetuste koostamiseks