Tekib ka gaase CO2 ja CH4 (metaan) – tekivad umbsooles ja käärsooles. Peristaltika juhib neid pärasoolde, kus nad välja puuksutatakse. Karnivooridel tekib proteiinidest vesiniksulfiid ja lenduvad amiinid – need fermenteeritud proteiinid ei imendu. Suur jämesool on hobustel (fermentatsioon toimub käärsooles). Jänestel, lindudel toimub fermentatsioon umbsooles. Fermenteeritakse taimseid SV (tselluloos, pektiin) ja peensooles seedimata SV. Rohke rakukestaainete sisaldus ratsioonis põhjustab tärklise madalat seeduvust ja mittetäieliku proteiinide seedet – seostuvad pektiini ja tselluloosiga. Hobusel mood. vajaminev energia 75% jämesooles toodetud VFA-st. Siiski, kui väga palju VFA-d toodetakse, pole see ka hea. See on vaja neutraliseerida bikarbonaatidega (tuleb pankreaselt, niudesoolelt, jämesoolelt), kuid kui väga palju VFA-d on, siis see ka ei aita – pH langeb ja mikroorganismid surevad, aga laktaati sünteesivad
· Metanogeensed bakterid, toodavad süsihapegaasist ja vesinikust metaani (CH4). · Proteolüütilised ja desamiinivad bakterid, hüdrolüüsivad proteiini aminohapeteks ning desaminivad need ammoniaagiks ja süsinikskeletiks. · Karbamiidi ja biureeti ammoniaagiks ja süsihappegaasiks lagundaad bakterid. Vatsa mikroorganismid ja ökosüsteem · Seened ja tsellololüütilised bakterid kinnituvad struktuursete rakukestaainete külge ja hüdrolüüsivad neid. · Amololüütilised ja sahharolüütilised bakterid kinnituvad lahustuvate söödaosakeste külge ja hüdrolüüsivad neid. · Protozoad seedivad baktereid ja väikesi söödaosakesi. · Bakterid hüdrolüüsivad omakorda surnud protozoasid. · Protozoad ei ela vatsavedelikus ilma bakteriteta, küll aga bakterid elavad vatsavedelikus ilma protozoadeta. · Anaeroobsed seened toituvad põhiliselt tselluloosest materjalist.