4 ACTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGAG 5 ATTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGGA b. Koostada eelpool toodud järjestuste fülogeneetiline puu kasutades Neighbour Joining meetodit. c. Valida 4 järjestust (ülevalt) ja leida informatiivsed positsioonid (ML meetod). Koostada kõik võimalikud sugupuud (ML meetod) kasutades ainult informatiivsetest positsioonidest koosnevaid järjestusi, märkida mutatsioonide arv igale puuharule, leida kõige tõenäolisem sugupuu. d. Võrrelda tulemusi. 2. DNA järjestuste fülogeneetiliste puude arvutamine kasutades erinevaid fülogeneetiliste puude koostamise programme. a. Leida geeni rrsH (KEGG, iseloomustada lühidalt) järjestused järgmistele organismidele: 1. Escherichia coli K12 MG1655 2. Escherichia coli O157 EDL933 3. Salmonella typhimurium LT2 4
SU 2U = d BU - S BU 2 = 10 - 8,5 = 1,5 dU1U2=(dU1B+dU1U-dBU):2=(11-10)/2=0,5 AC (U1) BU (U2) 0,5 c. Valida 4 järjestust (ülevalt) ja leida informatiivsed positsioonid (ML meetod). Koostada kõik võimalikud sugupuud (ML meetod) kasutades ainult informatiivsetest positsioonidest koosnevaid järjestusi, märkida mutatsioonide arv igale puuharule, leida kõige tõenäolisem sugupuu. Vastus: 1)A ACAAACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTGGG 2)B ACAAACAGTT TCTAGCGATT GCAGTCAGGG 3)C ACAGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTCGG Kristina Raud YAGB-41 060290 4)D ACTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGAG 1. 2. 3.
annaabi.ee 
