vähestes leiukohtades esinevad liigid, nagu näiteks fechtneri kivipuravik Boletus fechtneri, mõru kivipuravik Boletus radicans, roosa riisikas Lactarius controversus jt. II kategooria kaitsealuste loomaliikide hulka kuulub selgrootu loomaliik - kirju- e. apteegikaan Hirudo medicinalis, väikeste kinnikasvavate järvede elanik. Lisaks apteegikaanile on arvatud selgroogsete nüüd ka paksukojaline jõekarp, eremiitpõrnikas, väike- punalamesklane, männisinelane ning mustlaik-apollo. Selgroogsetest loomadest on II kaitsekategooriasse arvatud 2 kalaliiki: säga Silurus glanis - meie suurim mageveekala, kes Eestis on oma levila põhjapiiril ja tõugjas,1 roomajaliik - kivisisalik Lacerta agilis, kes on Eestis oma levila põhjapiiril; 35 linnu- ja 13 imetajaliiki ning üks kahepaikne harivesilik Triturus cristatus. Uute linnuliikidena on II kaitsekategooria nimekirja arvatud kirjuhahk, kanakull, sooräts,
arvukus on väike või väheneb ning levik Eestis väheneb ülekasutamise, elupaikade hävimise või rikkumise tagajärjel; 2) liigid, mis võivad olemasolevate keskkonnategurite toime jätkumisel sattuda hävimisohtu. 7 II kategooriasse kuuluvad liigid II kaitsekategooria nimistusse on kantud 59 loomaliiki 6 liiki selgrootuid (apteegikaan, paksukojaline jõekarp, eremiitpõrnikas, väike-punalamesklane, männisineslane, mustlaik- apollo) 2 liiki kalu (säga, tõugjas - Emajõgi) 2 liiki kahepaikseid (harivesilik, mudakonn) 1 roomajaliik (kivisisalik) 35 liiki linde (kirjuhahk, kanakull, sooräts, karvasjalg-kakk, roherähn ja põldtsiitsitaja) 13 liiki imetajaid (nahkhiired - 11, hall- ja viigerhüljes) 8 II kategooriasse kuuluvad liigid II kaitsekategooria liikide vähemalt 50%
I kategooria kaitseloomad Ebapärlikarp Kõre Rohe-kärnkonn Väike-laukhani Merikotkas Madukotkas Väike-konnakotkas Suur-konnakotkas Kaljukotkas Kalakotkas Väikepistrik Rabapistrik Rabapüü Niidurüdi Tutkas Kassikakk Habekakk Siniraag Euroopa naarits II kategooria loomaliigid Apteegikaan Paksukojaline jõekarp Eremiitpõrnikas Väike-punalamesklane Männisinelane Mustlaik-apollo Säga Tõugjas Harivesilik Mudakonn Kivisisalik Järvekaur Sarvikpütt Hüüp Väikeluik Laululuik Soopart Merivart Kirjuhahk Väikekoskel Kanakull Väikehuik Naaskelnokk Mudanepp Rohunepp Mustsaba-vigle Kivirullija Väikekajakas Tõmmukajakas Räusktiir Tutt-tiir Alk Krüüsel Sooräts Karvasjalg-kakk Jäälind Roherähn Valgeselg-kirjurähn Laanerähn
16 linnuliiki- kõik kotkad (6), must toonekurg, väikepistrik, rabapistrik, rabapüü, väikelaukhani, tutkas, habekakk, siniraag, kassikakk ja niidurüdi. 2 imetajat - lendorav ja euroopa naarits. II kategooria: kuuluvad liigid, mis on ohustatud ja liigid, mis võivad olemasolevate keskkonnategurite toime jätkumisel sattuda hävimisohtu. Järv-lahnarohi, harilik jugapuu, säga. 56 loomaliiki 6 liiki selgrootuid (apteegikaan, paksukojaline jõekarp, eremiitpõrnikas,väike- punalamesklane, männisineslane, mustlaik- apollo) 2 liiki kalu (säga, tõugjas - Emajõgi) 2 liiki kahepaikseid (harivesilik, mudakonn) 23 1 roomajaliik (kivisisalik) 33 liiki linde ning 12 liiki imetajaid (nahkhiired - 11, viigerhüljes). III kategooria: liikide arvukust ohustab elupaikade ja kasvukohtade hävimine ning ohutegurite toime jätkumisel võivad sattuda ohustatud liikide hulka
kotkad, must toonekurg, väikepistrik, rabapistrik, rabapüü, väike-laukhani, tutkas, habekakk, siniraag, kassikakk, niidurüdi) – haruldased, hävimisohus, esinevad väga piiratud alal või vähestes elupaikades o II kategooria (järv-lahnarohi, harilik jugapuu, säga, apteegikaan, paksukojaline jõekarp, eremiitpõrnikas, väike-punalamesklane, männisineslane, mustlaik-apollo, tõugjas, harivesilik, mudakonn, kivisisalik, nahkhiired, viigerhüljes) – ohustatud (vähenev arvukus ja ahenev levila), võivad sattuda hävimisohtu o III kategooria (atlandi tuur, lagrits, pähklinäpp, kimalased, metskuklased, harjus, hink, võidas, vingerjas, tähnikvesilik, rohu- ja rabakonn, rohelised