6) Spo0A-P aktiveerib otseselt transkriptsiooni SpoIIA ja SpoIIG operonidelt, mis on vajalikud raku diferentseerumisel üksusteks, millest kujunevad emarakk ja prespoor. Diferentseerumisel moodustub sporulatsiooniseptum. Septumi moodustumise asukohta koguneb rakujagunemise initsiaatorvalk FtsZ. 34. Bacillus'e geenide ajaline regulatsioon sporulatsiooni erinevatel etappidel. Emarakus ja prespooris avalduvad erinevad sigma faktorid, mis kontrollivad emaraku ja prespoori diferentseerumist. B. subtilis'e põhiline sigma faktor on A. Sporulatsiooni-spetsiifiliste geenide avaldumist kontrollivad sigma faktorid on E, F, G ja K. Sporulatsiooni erinevatel etappidel ekspresseeruvad erinevad sigma faktorid. Sporulatsioonis osalevate geenide avaldumine on kontrollitud nii ajaliselt kui ka ruumiliselt: 1) Faktorid E ja K on seotud emaraku varajaste ja hiliste geenide avaldumisega 2) Faktorid F ja G kontrollivad varajasi ja hiliseid prespooris avalduvaid geene.
peptidoglükaani kiht) on rakud 0 I staadiumis. II staadiumis eristuvad bakterirakus 2 üksust suurem üksus, millest areneb emarakk, ja väiksem üksus, millest areneb spoor. Sporulatsiooniseptumisse moodustunud peptidoglükaankiht degradeeritakse ja membraanid liituvad. III staadiumi alguseks on tekkinud prespoor e. eelspoor (ingl. k. forespore), mis on emarakus ümbritsetud 2-kihilise membraaniga. IV staadiumis moodustub prespoori ümber korteks. Korteksi moodustumise käigus ladestub membraanide vahele peptidoglükaan. V VI staadiumis toimub areneva spoori küpsemine endospooriks. Spoori ümber moodustub paks kest, mille tulemusena spoor muutub resistentseks temperatuuri ja kemikaalide suhtes. Bioloogilised protsessid spooris soikuvad, kuid selline spoor on soodsates tingimustes võimeline idanema. VII staadiumis emarakk lüüsub ja tugevalt dehüdreerunud spoor vabaneb.