määral juhuse meelevallas. Geneetilise triiviga seotud matemaatika oleneb suuresti efektiivsest populatsioonisuurusest, kuid ei ole päris kindel, kuidas see seostub tegelikku populatsiooni moodustavate indiviidide arvuga. Aheldatus loodusliku valiku all olevate geenidega võib neutraalsetele alleelidele vähendada efektiivset populatsioonisuurust. Mida suurem on homoloogilise rekombinatsiooni sagedus, seda nõrgemaks jääb aheldatuse mõju ning koos sellega ka efektiivse populatsioonisuuruse avaldatav efekt. See efekt on nähtav molekulaarses andmestikus korrelatsioonina rekombinatsioonisageduse ja geneetilise mitmekesisuse vahel ning negatiivse korrelatsioonina geenide tiheduse ja mittekodeerivate regioonide mitmekesisuse vahel (ehk mida pikema vahemaa tagant geenid genoomis paiknevad, seda suurem on nende vahele jäävate mittekodeerivate regioonide mitmekesisus). Juhusest sõltuv seos teiste geenidega, mis
võrra vähemaks. Kui viimased 2 alles jäänud liini ühinevad, oleme jõudnud MRCAni. Intensiivsem triiv tähendab, et fikseerumine saabub keskmiselt rutem. Järelikult peab väikese Ne-ga populatsiooni indiviidide viimane ühine eellane olema hiljutisem, kui suure Ne-ga populatsiooni oma. P(koalestsents, eelmises põlvkonnas) = 1/2Ne 4. Kuidas arvutada keskmist oodatavat TMRCA ehk puu sügavust, kasutades suhtelist aega populatsioonisuuruse suhtes? Miks on genealoogiliste puude kõrgusel suur hajuvus? k liini seas leiavad 2 liini ühise esivanema (1 koalestsents = liinide arv väheneb 1 võrra) keskmiselt aja t(i) jooksul: Generatsioonides t(i) = 2*2N/(k*(k-1)) 2N ühikutes t(i) = 2N/(k*(k-1)) Keskmine TMRCA ehk puu sügavus: Generatsioonides: 2N ühikutes: TMRCA = 2*(1-1/k)
Sageduse ja ooteaja vahel esineb pöördvõrdeline seos – kui sagedus on 1/10-le, siis ooteaeg on 10 aastat. Koalestsentside sagedus= tõenäosus, et kahel geenil on eelmises põlvkonnas ühine eellane. Kuna koalestsentsi tõenäosus igas põlvkonnas on 1/2N, siis keskmiselt tuleb oodata 2N põlvkonda kuni kaks liini koalestseeruvad. Valem: P=1/2Ne 4. Kuidas arvutada keskmist oodatavat TMRCA ehk puu sügavust, kasutades suhtelist aega populatsioonisuuruse suhtes? Miks on genealoogiliste puude kõrgusel suur hajuvus? Natalja Sellepärast, et viimane koalestsentsiaeg on pikk ja jaotuvus on ebasümeetriline. Lisaks on usaldusintervall 95%, mis annab Ne-le väga laiad piirid, mis muudabki genealoogilise puu hästi hajusaks. 5. Kirjelda liinide koalestseerumist populatsiooni kasvamise/kahanemise korral! Kuidas see mõjutab genealoogia puu kuju? Natalja Keskmine aeg, mis kulub esimese koalestsentsini k liini puhul, on 2N/((k(k-1)/2)
annaabi.ee 
