juunini 1990 NSV Liidu Ülemnõukogu ehitus- ja arhitektuurikomitee liige. Jeltsinist sai ka inimõiguste ja demokraatlike reformide eest seisva regioonidevahelise saadikurühma üks juhtidest. Venemaa juht Boriss Jeltsin 29. mail 1990 valiti Jeltsin Vene NFSV esimesel Vene NFSV Rahvasaadikute Kongressil bloki "Demokraatlik Venemaa" aktiivsel toetusel Vene NFSV Ülemnõukogu esimeheks. Jeltsini põhiline konkurent sellele ametikohale oli Ivan Polozkov, kellest hiljem sai Vene NFSV Kommunistliku Partei Keskkomitee esimene sekretär. 16. juunil 1990 loodi esimese Vene NFSV Rahvasaadikute Kongressi määrusega Konstitutsioonikomisjon, mille esimeheks valiti Ülemnõukogu esimees Jeltsin ning tema asetäitjaks Ülemnõukogu esimehe esimene asetäitja Ruslan Hasbulatov. 1990. aasta juulis NLKP XXVIII kongressil astus Jeltsin NLKP-st välja. Ta põhjendas oma sammu sellega, et kui ta valiti Ülemnõukogu
Selleks ajaks oli ta tuntud Gorbatšovi ja vanameelsete kommunistide karmi kriitikuna. Jeltsini arvates tuli reformide käiku kiirendada ning konservatiividega karmilt ümber käia. Liiduvabariikidele tuli rohkem võimu anda. Boriss Jeltsin Venemaa juhina 29. mail 1990 valiti Jeltsin Vene NFSV esimesel Vene NFSV Rahvasaadikute Kongressil bloki "Demokraatlik Venemaa" aktiivsel toetusel Vene NFSV Ülemnõukogu esimeheks. Jeltsini põhiline konkurent sellele ametikohale oli Ivan Polozkov, kellest hiljem sai Vene NFSV Kommunistliku Partei Keskkomitee esimene sekretär. Pärast kahte tulemusteta hääletusvooru, milles Jeltsin sai 531 vajalikust häälest vastavalt 497 ja 503 häält, esitas kommunistlik partei mõõdukama kandidaadi – Vene NFSV Ministrite Nõukogu esimehe Aleksandr Vlassovi. Saadikute ees esines Nõukogude Liidu president Mihhail Gorbatšov, kes oli Jeltsini valimise vastu. Pärast seda võitis Jeltsin kohe esimeses hääletusvoorus, kogudes 535 häält