Arvukad on perekonnad Scenedesmus ja Pediastrum. (J. Haberman, T. Timm, A. Raukas, 2008) 2.4 Zooplankton Zooplankton on vees vabalt hõljuvate loomakeste zooplankterite kogum. Tegemist on nn ökoloogilise rühmaga, keda ei ühenda mitte niivõrd sugulus, kui ühine elukeskkond (vesi). Zooplanktonite rühmad on vesikirbulised, keriloomad, aerjalgsed ja rändkarp. Vesikirbulised on zooplanktoni tähtsaim rühm. Toitudes vetikatest ja olles ise toiduks planktontoidulistele kaladele, on nad põhilised veekogu orgaanilise aine ja energia transportijad vetikatest kaladesse. Vähesel hulgal ilmusid nad Peipsi planktonisse juba mais, kuid intensiivne arend algas juunis ja saavutas enamasti maksimumi juulis-augustis. Sellest peale hakkas nende hulk vähenema ning kahanes talvise miinimumi. Keriloomad on metazooplanktoni loomadest kõige väiksemad. Kõige arvukam keriloom on Keratella cochlearis. (J. Haberman, T. Timm, A. Raukas, 2008) Arvukuselt domineerivad
Kuna vesikirbulised on zooplanktoni kõige soojalembesem rühm, siis leidub neid Võrtsjärves ainult soojemal perioodil, maist kuni septembrini. Zooplanktoni üldise hulga aastajalisel muutumisel on suhteliselt selge ja muutumatu iseloom: talvel külmas vees on teda vähe, suvel soojas vees aga palju ning ta on jaotunud ühtlaselt kogu järve ulatuses. Zooplankton koosneb suures osas herbivoorsetest loomakestest, kes toituvad primaar- produtsentidest - vetikatest, ise on ta aga toiduks planktontoidulistele kaladele. Zooplankton on toiduahela keskne lüli ning tema võimsusest vetikasööjana ja sobivusest kalatoiduna oleneb toiduahela efektiivsus. Mida rohkem orgaanilist ainet jõuab vetikatest kaladesse, seda efektiivsem on toiduahel. Ainult suured zooplankterid suudavad süüa vetikaid ning olla kaladele sobivaks toiduks, seega suudavad vaid nemad olla efektiivsed energia transportijad. Teades Võrtsjärves domineerivaid zooplanktereid, on selge, et seal ei ole võimsaid vetika- sööjaid