Tekkivate lõikude pikkus ja arv sõltub eeskätt lõigatava DNA pikkusest ja ensüümi tüübist. Näiteks ribotüpeerimise korral teostatakse bakteri kromosomaalse DNA restriktsioon, millele järgneb elektroforees ja Southern’ hübridisatsioon. Hübridisatsiooniks kasutatakse sonde, mis seostuvad ribosoome kodeerivate geenidega. Restriktsioonile järgneb elektroforees agaroosgeelis, mis võimaldab tekkinud DNA fragmentide eraldamise nende suurusest lähtudes. PFGE – PULSED FIELD GEL ELECTROPHORESIS. Pulss-välja geelelektroforees on molekulaarsete tüpiseerimismeetodite standardiks. Terviklikest bakterirakkudest valmistakse nn. agarpunnid. Seejärel tehakse bakteri DNA-le restriktsioon. Elektroforees toimub pulseeriva elektrivälja tingimustes. PFGE võimaldab lahutada väga suure molekulmassiga DNA fragmente vahemikus 10 kb kuni 800 kb. Joonis 4. PFGE restriktsioonimustrid S.
quently applied and most reliable technique that allow spatial distribution studies to take is sequencing of the 16S-rRNA gene. This place. technique has been applied either in combi- The microorganisms that are most fre- nation with other techniques, such as SDS- quently encountered are Lactobacillus curva- PAGE of whole cell proteins, RAPD-PCR, tus, Lb. plantarum, Lb. sakei, Staphylococcus or PFGE, or directly to the isolated microor- carnosus, St. saprophyticus, and St. xylosus ganism. Although this approach provides (Table 9.1). These microorganisms seem to accurate identification at strain level, an be autochthonous in this ecosystem and have equally important part of the microbiota, the capacity to prevail during fermentation. namely the viable but not culturable fraction, The competitiveness of Lb. sakei has been Table 9.1
annaabi.ee 
