Thomson, kes tegi mõisa plaani visandid ja arvestused detailselt. Kuid enne ehitustöid pidi Thomson sõitma Lõuna-Venemaale, kuhu võttis ta kaasa Muuga mõisa projekti joonised ning sinna ta jäi. Uueks arhitektiks leiti kiiruga Petrov. Tehti uued tööjoonised, kus muudeti fassaadi ja tubade asetust. Ehituse ajal ei saanud Neff ise kohal olla, sellepärast saatis ta oma poja kohale, kes kohale jõudes leidis, et maja oli valesti ehitama hakatud (lõuna külg põhja poole). Petrovil tuli lahkuda ja 1867. aastal leiti ehitust juhtima arhitekt Memel, kes juhtus olema hull ning pidavat ära lahkuma ühe haigushoo peale. Lõpuks leiti arhitekt Augustin, kellega saadi maja niikaugele, et võis hakata seda sisustama. Aia ja pargi rajamist alustati 1868. aasta sügisel. Tiik kaevati 1871, torn ehitati 1872, pargivärav 1873. 1877 lõpetati ruumide kujundamise. 3 Muuga mõisa arhitektuur
tütarlastegümnaasiumides käitub noorsugu halvasti, käratseb väga klassides, - ah, kui see ometi ülemuse kõrvu ei ulatuks, ah, kui ometi midagi ei juhtuks, - ja kui teisest klassist välja heita Petrov, aga neljandast Jegorov, siis oleks see väga hea. Ja mis siis sai? Oma õhkamistega, vigisemisega, oma tumedate prillidega kahvatul pisikesel näol teate, pisikesel nagu tuhkru nägu ta vaevas meid kõiki, ja me andsime järele, alandasime Petrovil ja Jegorovil elukommete hindeid, panime nad istuma ning lõpuks heitsime nii Petrovi kui Jegorovi välja. Tal oli imelik komme käis meie kortereid mööda. Tuleb õpetaja poole, istub ja vaikib ning ikka nagu luurab midagi. Istub sedasi vaikides tunni, teise ja läheb. Seda nimetas ta ,,heade suhete säilitamiseks seltsimeestega" ja oli ilmne, et tal meie pool käimine ja istumine oli raske ning et ta käis ainult sellepärast, et pidas seda oma seltsimehelikuks kohuseks